导致爆发了农民起义。虽然起义被镇压了下去，但预示着南齐的衰弱。公元493年，七月，萧赜病死，诏命皇太孙萧昭业继位。
从萧昭业开始，便大肆屠杀宗室，内乱不迭。公元493年，武帝萧赜病逝，萧昭业继位，让萧子良和萧鸾辅政。
萧鸾，是开国皇帝萧道成哥哥的儿子，萧昭业的叔祖。萧昭业几次想杀萧鸾，都犹豫不决没下手。公元494年，萧鸾发动政变，杀死了萧昭业，立萧昭业的弟弟萧昭文为皇帝。之后又杀掉萧昭文，自己登基做了皇帝，是为齐明帝。为了除后患，他把萧道成和萧赜的子孙杀的干干净净。
萧鸾死后他十六岁的儿子萧宝卷继位。萧宝卷性格内向，不喜欢跟大臣接触，只喜欢出宫游玩。之后萧宝卷变的残暴起来，导致百姓对他怨恨不已。
公元501年，高帝萧道成的族弟萧衍起兵讨伐萧宝卷，人心所向，很快便攻入建康，而萧宝卷在逃跑时被身旁宦官所杀。死时仅十九岁，史称他为“东昏侯”。
萧衍扶植萧宝融为傀儡皇帝，自己则掌握了南齐的朝政大权。公元502年，萧衍废掉萧宝融，建国号梁，他便为梁武帝。不久，萧宝融被杀，南齐灭亡。