祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”。十月，朱由检又以“赞襄典礼”（协助完成登基大典）和东江战功（毛文龙在丁卯之役中的战功）为名给魏忠贤、王体乾等荫官（给予其家属锦衣卫官职）。通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。
铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。九月十六日，“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；十月十四、十九日，另一“阉党”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。
崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检在十月二十一日批准其请。
崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状[48]，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。
之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。]魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减。十一月初四日，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。]行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。[客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。
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自己穿越到这个世界，又是一个皇帝，虽然按照历史，自己的结果是要吊死的。
但是穿越者崇政皇帝有信心能力挽狂澜，拯救大明于危难之际。