“吾弟当为尧舜。”朱由检恐惧万分，说：“陛下为此言，臣应万死！”朱由校接着嘱托他善待张皇后与信用魏忠贤，朱由检更加恐惧，请求出宫。朱由校表示自己在召见朱由检以后“朕心甚悦，体觉稍安”。[
天启七年（1627年）八月二十二日申时，朱由校驾崩于乾清宫。魏忠贤哭得眼睛都肿了，并与党羽商量对策。据说魏忠贤打算自立，被兵部尚书崔呈秀劝阻，另有人提议令宫妃假称怀有身孕，而将魏良卿之子领入宫中，接替皇位，由魏忠贤辅佐，就像“新莽之于孺子婴”那样。魏忠贤以为言之有理，便派人婉言暗示张皇后，被张皇后拒绝。魏忠贤得知张皇后的严正态度，也无可奈何，不再强迫她，只好派亲信宦官涂文辅、王朝辅接朱由检入宫。
同时，由内阁起草遗诏，内称“皇五弟信王聪明夙著，仁孝性成，爰奉《祖训》兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位”。在张皇后的告诫下，朱由检自带麦饭入宫，不吃宫中食物，对宫中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由检秉烛独坐，偶然看见一名小宦官持剑而过，立即叫到跟前，索要其剑，详加审视，许诺将给他赏赐，并将剑留在自己桌上。当听到宫中巡夜者击打木梆的声音，他起身前往慰劳，并回头问左右侍从如何赐酒食，侍从回答说由光禄寺负责，于是，朱由检下令旨让光禄寺准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时欢声如潮。对于魏忠贤，朱由检也“屡赐温词，曲加慰劳”，以安其心。
经过文武百官三次劝进，朱由检于八月二十四日穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位于皇极殿（一说中极殿），改元崇祯，在登基大典时突发天雷之声（一说不是天鸣而是御马齐鸣）。
朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官。魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟[48]，并在九月初一日上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番。
过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。初四日，司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。
九月二十五日，魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生