朝廷的血腥镇压，黄巾起义终为失败，惟部分残余隐匿深山野中，不成气候。而此次义举深度摇动了东汉统治之根基，一些地方阀门乘机扩充势力，欲与朝廷相抗，以谋求更大私利。
边章和韩遂率先在凉州拥羌人作乱，连年未平。
中平三年年底，朝臣奉诏会议，改派司空张温行车骑将军，并召前中郎将董卓，使为破虏将军，与荡寇将军周慎，统归张温节制，张温奏请孙坚为前佐军司马，出讨凉州叛军。
孙坚接到朝令，即辞朱儁，直至张温军。张温见孙坚到来，便道：“知君勇猛，奏请前来相助。”
孙坚答道：“承蒙将军提携，尽当立功报答。”嗣孙坚助张温调集诸郡兵马。
张温合兵十万，屯守善阳，叛军边章引兵来攻，张温率军迎战，而战不利，董卓也败退还营。
时已至仲冬，天气严冷，夜空忽一大流星划过，光长十余丈，照彻乱军军营，驴马皆鸣，乱军疑为是不祥之兆，欲回金城再作计较。
董卓得知，心下大喜，复邀同右扶风鲍鸿等，趁机晨攻乱军。
乱兵皆有归志，不愿力战，一哄儿弃营西走。董卓等驱杀一番，斩首数千，还营报功。
董卓回营，张温令董卓再讨羌胡，另派周慎追击边章，当下孙坚由张温调至周慎军中参议军事。
边章败退榆中，据城固守，周慎即欲进攻。孙坚向周慎献计道：“贼新入榆中，必无粮储，定当由外输入。吾愿得万人，截贼粮道，将军率大兵为后应，贼不能久守，自然骇走。若窜入羌中，并力往讨，便可荡平，凉州便可从此安靖！”
周慎不从，遂引兵围榆中城。
边章闻周慎军将到，就先拨部分乱军，往驻葵园。待至周慎军攻城，坚守勿战，又密令葵园乱军，断其周慎之粮道。
周慎得知粮道被劫，乏食生惊，丢弃辎重遁还。周慎没听孙坚之计，终有此败。
另说董卓一路人马，前讨羌胡，行至望垣北隅，突遇羌胡大队人马，蜂拥前来，急切不能退避，致被敌羌军所围。董卓军既被围困，饷又不继，急得董卓徬徨不可终日，左思右想，幸得了一计。
董卓本就倚水立营，令兵从水旁筑起一坝，佯为捕鱼，暗中却将水势堵塞，腾出淤地，乘着宵深更静，在大坝的掩护下，悄悄拔寨撤军。
待乱军闻知，出来追击，董卓军已尽出围。董卓见乱军过来，令兵突决塞放水，河水泛滥，蓄水数十里。使乱军淹死多人，乱兵慌忙走