高法院，“左断刑”与“右治狱”的组织规模都相当庞大。“左断刑”以断刑少卿为首，配有大理寺正、大理寺丞、司直、评事等专职的司法官，以及主簿(相当于行政秘书)二员、吏人(办事员)五六十名:下设开拆司(相当于立案庭)、表奏司(相当于办公室)、知杂司(杂务处)、法司(相当于法律研究室)、分薄案(相当手秘书处)、宣黄案(相当手行政审判一庭).唐勘案(相当于行政审判二成)、详断案八房(入个刑事上诉成，一般只负责法律审)、架阁库(文书档案室)。
“左断刑”的全体法官又分别组合为两个司，以评事，司直，大理寺正为“断司”，负责详断案件，有点像审判委员会，以大理寺悉、少卿、卿为“议司“，负责复议“断司”审断的案件，类似于审判监督庭。凡大理寺受理的案子，例由“断司”先作出初步裁决，然后送“议司“复议，最后由大理寺卿审定。
右治狱则以治狱少卿为首，配有大理寺正、大理寺丞，检法使臣、都辖使臣等法官，以及监门官(相当于驻守门岗的法警)二员、吏人三十余名;下设开拆司、表奏司、知杂司、驱磨案(掌涉案物资的调查)、左右寺案(相当于执行庭)、左右推(掌刑案的“事实审“)、检法案(掌刑案的“法律审“)。
刑部是最高司法行政机关，负责复核大理寺审结的刑案、审核各地申报的大批案、监督在京监狱等。元丰改制后，刑部以刑部尚书为长官，刑部侍郎为副长官，郎中、员外郎为属官，下设刑部司、都官司、比部司、司门司等部门。
御史台是最高司法监督机关，有权监察大理寺、刑部的司法活动，举劾司法不公的官员，同时还具有部分司法职能，可以受理诏狱与直诉案件、申诉案件。
此外，京师还设有登闻鼓院、登闻检院、理检院，是隶属于谏院的直诉法院，接受士民向皇帝申诉的诉状。其受理程序是:进状人先至登闻鼓院申诉，若鼓院不受理，需给进状人一纸“判状”，进状人持“判状”可至登闻检院申诉，若登闻检院不受理，也需给“判状”，然后进状人可至理检院申诉，若是理检院也不受理，“许邀车驾”，即俗称的“告御状”，若登闻鼓院，登阿检院，理检院都不给“判状”，“听谐御史台自陈”，即到御史台申诉。总的来说目前朝廷由大理寺、刑部与御史台构成了三法司。
接下来便是路（省）一级的司法机构提点刑狱司，提刑司负责审核州府上报的刑案，对没有疑难的死刑案拥有终审权与核准权，但需申报刑部备案审查，而疑案