濑户内海山雨欲来，德川秀忠知道自己的海军薄弱，一方面在江户外围凿沉了大量的民船阻止四国联军登陆，另一方面通过李旦、李国助父子购买大量的吕宋大炮布防。由于明朝采取了中立的态度，李国助在本州左右逢源，很快便寻找到了织田信长的嫡长孙织田信衡，然后将他接到釜山组建流亡幕府。杨天生、陈衷纪等人则暗中联络各地的织田家臣，并通过重金收买九州境内的藩主，要求他们在这场政变中两不相帮。
为了确保自己的计划能够顺利实施，朱由校命令釜山的熊廷弼和毛文龙进入一级战备，随时出海迎战日本舰队。郑芝龙、甘辉等率领华远贸易公司的武装船只驶入江户，明着是要求德川秀忠确保华人的利益，其实是趁机切断他与九州之间的联系。
面对郑芝龙的咄咄逼人，德川秀忠敏锐的闻到了浓烈的火药味，他虽然不相信明朝水师会主动进攻日本，但大战在即他确实需要得到明朝的支持。此时欧洲联军已经占领长崎，在洋人的协助下岛原之乱愈演愈烈，四国岛的切支丹大名高山右近、内藤如安公开表示支持织田信衡为关白，要求自己退位。
面对内忧外患的窘境，德川秀忠决定攘外必先安内，他一面讨好郑芝龙等明朝使者，表示愿意交出那些参与吕宋屠杀的罪犯，在长崎划设永久租界供明朝使用，并向天启皇帝俯首称臣；另一方面他积极调兵遣将讨伐四国的高山右近、内藤如安，想在最短的时间内稳定国内的局势，然后集中精力对付九州的四国海军和天草四郎。
德川秀忠打了一手的好算盘，精明的欧洲人却不想错失这个良机，很快便从长崎出发，一路高歌猛进的逼到江户外海。交战初期，由于欧洲的盖伦帆船和海炮拥有绝对的优势，德川幕府的海军很快便溃不成军，不过他们仰仗着陆地上的支援，恢复能力要高于欧洲联军，犹如一只打不死的小强，很快双方就陷入相持阶段。
看到双方都出现了一定的疲态，一直和明朝一样保持中立的英格兰人终于露出狰狞的面目。三浦安针的儿子约瑟夫要求德川秀忠签订条约，承认英格兰的贸易垄断地位，作为回报他将说服盘踞在长崎的大英水师加入日本一方。
这个条约虽然是德川幕府的无奈之举，但也间接的伤害了明朝的利益，于是郑芝龙、甘辉等人奉命阻拦英格兰人北上勤王，要求他们按照利益均沾的原则承认明朝的地位。约瑟夫眼见到嘴的肥肉要与别人分享，顾不得两国的外交盟约，一边咒骂明朝是贪婪的强盗，一边命令向郑芝龙他们开火。郑芝龙长期做着没本的