镰仓幕府已经统治多年，北条时宗能够调动足够的人力物力，加上他大肆宣传元军在中原地区的暴行，使得日本境内同仇敌忾，政府间的军事对抗变成了一场抵御外敌入侵的民族战争。
当然，元军在具体的战术安排上也有许多不妥之处。
一是战术上的应用失误。蒙古骑兵身体强壮，能吃苦耐劳，是马背上的勇士，他们的优势是利用弓箭进行迂回包抄，但是抢滩登陆是要在狭长湿软的地带作战，日本人采取近身肉搏的方式和蒙古骑兵打，这就使得蒙古人失去了弓箭和回回炮的支援，等于自断一臂。更可气的是日本人采取坚壁清野的战术，不仅战场上不给蒙古人留任何有价值的物资，还不断偷袭蒙古的运输船，导致蒙古军队从一开始就出现补给困难的短板。
二是武器方面存在缺陷。日本武士除了爱刀如命，还有一副昂贵的铁甲。由于日本常年战乱，对于武器的要求是非常高的，这直接促使日本的冶炼技术和刀具制作工艺非常先进，他们的兵器在近战中明显优于蒙古人的马刀，而远距离的弓箭也无法穿透日本武士的盔甲。
对于元军的失败后人多是觉得可惜，此后日本便开始了几次征服中原的战役，虽然都以失败告终，但却数次阻断了中华民族复兴的机遇。当朱由校听完大明精英的分析之后，他忽然明白了《孙子兵法》的真谛，其实6075个字已经浓缩了中国古代军事家的精髓，但真正为将帅所用的只有十一个字：能因敌变化而取胜者，谓之神。
为此他与大明的战神孙承宗经过反复商议，开始有针对性的进行了战术上的改变和火器方面的研发。
首先，由杨天生、陈衷纪等人招揽日本的武士、浪人，组织他们出海打劫经过台湾海峡的商船，并寻找机会侵犯福建一带的港口，以此激起明朝境内的民族仇恨，获得最大程度上的民意支持，将征服日本变成平息倭寇的正义战争。
其次，由李旦、李国助父子出面，资助那些亲华的倭人进入幕府和地方大名任职，一方面干预德川秀忠的政令推行，另一方面获取日本境内的大量情报。同时重金收买忍者，有针对性的清除继位者德川家光的羽翼，阻止德川秀忠实现他的大御所体制。
再次，派出锦衣卫假扮商人、僧人等进入日本，在亲华倭人的协助下大肆绘制军用地图，勘察地形地貌和人口分布状况，确定行之有效的进攻路线。
最后，由郑芝龙的华远贸易公司出面，联合西班牙和荷兰的舰队封锁濑户内海，严禁火器、药材、粮食等战略物质流入日