拓跋焘推行的政治政策一定程度上有利于社会安定，推进了鲜卑封建化的进程，但拓跋焘毕竟是封建帝王，没有摆脱民族的界限，更没有停止过对各族人民的压迫和剥削，因此，在拓跋焘统治时期，民zu矛盾和阶级矛盾仍然十分尖锐。
卢水胡是匈奴别部，因居于卢水而得名，自东汉以来聚居于湟中，其后渐分布于秦、陇，杏城镇等地。后魏平定关中后，在这里设置军镇，加强对卢水胡的控制。
大魏政府迁徙泸水胡人，加重其赋税，太平真君六年，关中地区爆发了卢水胡盖吴领导的武装起义。
起义爆发后，魏长安镇副将元纥率军前往镇压，被击败。于是，关中各族人民尽皆响应，起义军扩大到十万余人，分兵三路，一路由白广平率领向西南攻取新平、安定，一路向东南攻取临晋，从东面威逼长安，盖吴自领一军攻取李润堡，直插渭北，准备进攻长安。
拓跋焘急忙调发高平镇敕勒骑兵赶赴长安，又令将军长孙拔调集并、秦、雍三州之兵屯守渭北。
与此同时，聚居于河、汾间的河东蜀在薛永宗领导下于太平真君六年十一月袭击魏在河东的牧场，夺取马匹，组织了一支三千余人的骑兵，在汾曲发动起义。
盖吴派人和薛永宗取得联系，薛永宗接受盖吴的任命为秦州刺史，先后攻取闻喜、弘农，逼近潼关，队伍亦发展到五万余人。
两支起义军连衡相应，结成犄角之势，声威大震，北起杏城，南至渭北，西抵金城，东及河东，以陕西中部为中心，包括甘肃东部、宁夏东南部、山西西南部、河南西北部的广大地区都处于起义军的控制和影响之下。
盖吴派使臣赵绾上书宋文帝，希望刘宋政权能出师河、陕，形成对北魏南北夹攻的态势。
在关中统治摇摇欲坠的情况下，拓跋焘亲自领军征讨，他采取分兵牵制、各个击破的策略，由殿中尚书乙拔将三万骑讨盖吴，西平公寇提将万骑讨白广平，自领主力进攻薛永宗。
太平真君七年正月，大军兵临汾曲，利用当地豪强建立壁垒，隔断薛永宗和盖吴的联系，随后乘起义军没有戒备的情况下发起突然袭击，镇压了这支起义军。二月，拓跋焘率军渡过黄河，至洛水桥。盖吴闻讯后北撤，在杏城遭到魏军包围，损失严重，再次上书宋文帝，希望刘宋政权能出师援救，但未能如愿，八月，盖吴被叛徒所杀，起义军被镇压。
在镇压盖吴起义的过程中，拓跋焘对沿途响应起义的各族人民进行了残酷杀戮，力图以民族高