距今大约5000年前，黑暗笼罩着大地，魔神带给人们无尽的恐慌。直到一名巨人从天而降，驱散了黑暗，消失在群山之中……
山下的部落里，流传着关于巨人的传说。伊莎蕾女巫预感到了黑暗复苏，她将视线投向了部落的一名小孩阿姆伊。
在部落的另一边，驱魔者玛荷罗巴奋力击杀了一头巨兽，取得了神兵暗雉剑与一件青铜神光棒……
五千年后，超级GUTS队实习队员袁翼，操纵着新型战机，遭遇了一头恐怖的怪兽。
在周旋之际，天空中突然出现一个漩涡，将袁翼驾驶的战机与怪兽吸入。
站在山巅眺望群山的阿姆伊，发现了断崖上的战机，以及坠落溪涧昏迷不醒的小翼。
他将小翼带回了部落。
遥远的北方，驱魔者玛荷罗巴手里的青铜神光棒，似乎有了反应。指引着玛荷罗巴，向部落所在方向走去。
故事线开始收束！
小翼醒来，发现自己穿越到了远古时期。
还没等他弄清楚现状，幽暗之地的德古拉便命令手下，率领那头随小翼一同穿越的巨兽，向村庄发起袭击。
村民们做足了准备。
陷阱、投石机与弓箭，只要是用得上的攻击手段，全都用上了。
但这些全都没用……
怪兽无视了攻击，轻松破坏了部落战士们修筑的防御工事。
危急时刻，玛荷罗巴赶到，救下了小翼阿姆伊等人。但玛荷罗巴仍不是怪兽的对手，被打飞时，青铜神光棒掉落被小翼捡到。
“那只怪兽是我引来的！”
“如果真的可以……”
当小翼变身的那一刻，整个影院都轰动了。
没人能想到，大古的儿子小翼，竟然也能变身为迪迦奥特曼。父子俩变身同一个奥特曼，这还是第一次。
观众本以为，阿姆伊才是主角。结果，小翼却变身了……
正当他们以为，能变身的小翼才是主角，阿姆伊不过是一个配角时，无敌的小翼拉垮了。
“这个迪迦好逊啊……”
“是啊！才出场就红灯了！”
孩子们很奇怪，为什么迪迦弱成这样？明明在电影开场中，一脚踹翻了黑暗魔神，但小翼变身却如此孱弱。
难道是小翼的问题？
随着剧情渐渐发展，聪明一点的孩子已经意识到，那个佩有“迪迦水晶”的阿姆伊，极有可能才是