经过讨论和规划，两大族群终于签订了协议，一起创立了木叶忍者村，隶属于火之国。千手一族和宇智波一族联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的模式，组建了各自的忍者组织。随着忍村的建立，战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平，斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
木叶忍者村建立后，千手柱间因受到广泛的支持，而担任了木叶忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝着美好的方向发展着。
然而，宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的话，其内容令斑为之震惊，也为日后发生的一切埋下了伏笔……
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧，因理念的不同，崇尚力量的斑并没有被木叶的人所认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑与千手柱间的隔膜开始日益加深。
斑预测千手柱间死后，其弟千手扉间定会继承火影大位，而宇智波一族也迟早会面临灭亡的下场。虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做第二代火影，但是斑看出，除了柱间，没有人能和他坦诚相待。斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”，后来斑人间蒸发，没有人再听到过他的消息。
但是，突然有一天，斑回来了，并且向木叶发动攻击，为了保护村子，千手柱间毅然出战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中实力最强的九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护了木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑借此获得了重生。
在之前的战斗中，斑从柱间身上咬下了一块肉，在复活后他将肉吐了出来，并移植于伤口处，从而顺利获得了柱间的细胞。但是在移植了柱间细胞后，起初一直不曾有什么反应，连斑自己也慢慢感到疑惑（石碑上记载着“互斥二力，相与为一，孕得森罗万象”，斑对此深信不疑）。时间流逝，直到斑阳寿将尽之时才意