在柯南修炼出查克拉的一瞬间，在柯南的脑海里就出现了这么个东西——火影之副本系统。
顾名思义，这个系统的功能就是通过通关一个个副本来掉落物品提升实力，并且可以通过大量实战来锻炼实战能力。
在副本中死亡不会真的死亡，但是会体会到死亡的感觉，所以说能小心就小心，除非你想体会到死亡的滋味。
看着眼前的副本，简单的有木叶丸，乌冬，萌黄这样的新手副本，再往上就会有木叶十二小强毕业期，木叶十二小强成人期，什么上忍卡卡西，凯，红这要在火影漫画中出现过的人物基本都有，最后甚至还有佩恩，斑，六道。
这些副本会掉落这些人物各自拥有的技能以及一些有用的道具和技能经验书。
说到这里，就要解释一下这个副本奇特的经验系统了，他并不是直接提升等级来提升实力，而是各个技能都有各自的等级，比如说身体属性类可以分为敏捷，体质，精神。
单拿敏捷一项来说，他的等级分为下忍级敏捷，需要经验值一千点才能修炼完下忍级敏捷，经验槽满后就会拥有下忍的敏捷，中忍级敏捷也需要填满一千点经验槽才能拥有中忍的敏捷。
只是中忍级敏捷经验书只在敏捷型中忍副本中掉落，上忍级和影级以此类推，当影级填满后会出现挑战任务，完成后会解锁奥义。
比如敏捷的超速神经反应（几乎无延迟的反射神经），体制的超速再生（参考初代），精神的操控尾兽之类的。
忍术类可以分为七大基本属性：水火土风雷阳阴，同样分为下忍级，中忍级，上忍级，影级属性亲和。
事实上每个人天生都有一定程度的属性亲和，例如某个人的天赋属性是水，他拥有哪个级数的属性亲和基本就只能发出该等级的忍术，并且会比天赋高的人消耗更多的查克拉。
当然，每个人都可以通过对属性的理解和熟悉提升属性亲和等级，当属性达到影级之后同样可以生成奥义，幻术以及查克拉操控等方面也是如此。
另外，基本属性达标不等于就能造成足够的威力，还要看技能的等级，技能熟练等级分为初级，中级，高级，大师级，奥义，分别能发挥出不同的威力。
例如水龙弹之术，需要的最低亲和是中忍级，但中忍级的威力肯定比上忍级小，初级的熟练度肯定也比中级小。
同时副本系统每天的下副本次数也有限制，综合实力下忍以下一天两次，中忍一天三次，上忍四次，影一天五