最终他提出了人类补完计划，这个计划最终被寿命接近极限、依靠机械维生的SEELE组织成员批准执行，成为了使徒抵抗计划后不为人知的潜在部分。
但SEELE的人类补完计划，是令人类回归莉莉丝，心灵融合互补成为一个完整统一的超级生命体，而碇源堂的真实目的却并非如此，他希望自己和碇唯依旧能以独立的个体方式相见。
所以，让融合了碇唯的初号机觉醒，而他自己以亚当为钥与之融合，掌控神化觉醒最终的选择权，重新见到碇唯的同时阖家成神，实现碇唯最初的梦想——
日月星辰都将陨灭，而人类借由EVA达成永恒。
这注定了碇源堂会背叛SEELE，在最终的时刻争夺成神之钥。
在此之前，碇源堂和SEELE目标是一致的——消灭亚当与莉莉丝之外的所有使徒，否则两边的计划都没有实现的可能性，活跃状态的使徒会在人类补完的时候污染所有人类的灵魂篡夺成神之钥。
但是，当初碇唯的接入实验出现事故并不是意外...
冬月看了眼碇源堂，他被自己的弟子碇唯拜托过，不要太早告诉碇源堂真相——她是自愿主动融入EVA的，为了在SEELE这个宗教意味浓烈的组织统治的世界里抓住神化的关键。
虽然碇唯的本体化为LCL消失了，但理论上若本人有强烈的意愿，从LCL变回来是有可能的。
所以碇唯是有把握，有很高概率在初号机中保留着部分意识的。
“让真嗣坐上初号机，看看他与初号机的同步率，应该也能确认很多问题了，你也不可能一辈子都不见他吧？”
对碇源堂非常了解的冬月笑了笑，他知道碇源堂知晓自己孩子来找自己谈心就已经有些动摇了，虽然过去因为各种理由把自己儿子冷处理，但这并不意味着他就对自己儿子没有感情。
碇源堂不过是觉得在涉及使徒与SEELE的险恶博弈中，儿子太过靠近他会被利用而受到伤害，并且因为长期不接触而感到无所适从罢了。
这算是傲娇吧，给个台阶下就可以了...
被未知力量轻微触动的冬月很快劝服了被同样力量干涉的碇源堂，于是碇真嗣如愿见到了自己离家多年的父亲。
十多年话都没说过几句的父子两人在一番口不对心的争执对喷后，很快在冬月协调下达成了谅解。
最近积极乐观起来的碇真嗣表示自己终于理解了父亲涉及人类存亡工作的重要与伟大，