己的权限将自己的身躯化为无影无形的存在，没有被来拜访先知的锡安人员发现。
尼奥一行身为以摆脱智能程序控制为目标的锡安人员，却被身为智能程序的先知以预言的形式引导着行动，真的有种莫名的讽刺感。
而看着几人与先知的对话，看着这与电影剧本里高度相似的场景在眼前上演，程斌心底的感触也是颇为复杂——虽然系统早已说过这不过是在接近无限的世界基数下匹配的结果，但程斌依旧有种现实与虚幻交杂的奇妙感触。
在锡安的人员最后离开前，尼奥疑惑地看了眼房间里某个空无一物的角落，随后回头跟上了队伍。
在几人离开后，把椅子和身边的东西一起化为无形的程斌重新现出身影，对着微笑看来的先知摊手耸了耸肩。
......
经过了一段不长不短时间后，机械大帝等待的最后一刻终于到来。
智能程序想要进化成真正的智慧生命，但智能程序的顶点——机械大帝并不希望这种进化如同人类一般，让和谐一致的智能程序产生过度的私心而分崩离析。
所以早就清楚探明了人脑运作机制的智能程序们，才会待在地球上默默等待着，一点一点地优化改良名为尼奥的智能程序，直至完全剥离了从人类那得来的感性算法里被认为是负面的那部分，探明了二进制生命正确的进化道路。
从尼奥身上被剥离的负面算法化为名为史密斯的可怕病毒，这个曾被尼奥入侵击杀过的母体特工，如同预料的那样，感染了包括母体与锡安在内的所有虚拟世界的程序，将自身复制到每一个程序对象与人类虚拟体上，令虚拟秩序全崩盘——虽然这些地方都在机械大帝专门画出来的隔离圈子里。
虽然此时的尼奥已经知晓了大部分的真相，但在名为“爱”的程序引导下，为了拯救人类与自己的爱人崔妮蒂，他只能选择将自我所有程式公开，让机械大帝侵入获取他当前的程序本源——那如同人类一般，充满了情感，遍布着矛盾，既混沌又明确的神奇核心算法。
机械大帝就在这尼奥与史密斯的数据纠缠中，取得了最终进化的钥匙。
在母体模拟的二十世纪城市里，史密斯与尼奥的最终决战打的天翻地覆，但对于程斌与机械大帝来说，那不过是某些表层数据的交互罢了，结果在收获了果实后就已经注定，拥有底层权限的机械大帝随时可以将整个虚拟世界重置。
人类被史密斯覆盖的只是虚拟世界里的数据体，本身并没有受到什么的