大陆沉没导致海平面的上升，肆虐的洪水毁灭了人类在此之前发展出来的一切文明成果，在亚特兰蒂斯科技的帮助下，濒临崩溃的地球重新恢复了稳定，剧变的气候也重新回归了正轨，幸存下来的人类不得不过上了茹毛饮血的原始生活。
守护者们就是在这个时候进入的人类社会，在他们看来，虽然罪魁祸首是那些卓金虫族，可进入战争的亚特兰蒂斯人已经破坏了不干涉其他文明发展的准则，人类社会有今天的遭遇，与这场旷日持久的战争是分不开的。
既然规矩已经被打破，就没有必要再死守那些已经被打破的规矩，守护者们决定通过一种潜移默化的方式，将亚特兰蒂斯先进的文明成果逐步的传授给人类。
术业有专攻，这句话说的一点都没有错。即使是拥有巅峰科技的亚特兰蒂斯人也无法做到精通所有的领域，分散到世界各个角落的守护者只能将自己所精通的领域通过不同的代理人传播给人类。
他们预想的是，让不同地区的人类学习并发展不同的领域，再通过代理人之间的联系将整个世界联系在一起，从而使人类可以更快的继承亚特兰蒂斯的一切。
可惜，亚特兰蒂斯人的一厢情愿再次使他们犯了一个更严重的错误。其中一个守护者将太极图腾带到了黄皮肤人种聚居的区域，并将太极图传授给了他经过长时间观察选出来的代理人——伏羲。
伏羲并没有让守护者失望，在他的努力下，华夏文明开始崛起，在太极图的指引下，华夏文明在农林牧渔各个领域齐头并进，都取得了长足的进步，其随后的代理人更是带领华夏文明战胜或者同化了周边的南蛮、西戎、东夷等强敌，成为了雄霸一方的霸主。
其他的守护者在各个地区也取得了不俗的成绩，古希腊专注于建筑、艺术、冶金、酿酒以及自然科学等领域，而西亚中东地区的守护者则更关注精神领域的建设，美洲大陆的守护者则肩负了记录历史的重任。
自私是任何生物都无法回避的问题，随着智力越来越高，自私这种负面情绪也就变得越来越不可琢磨。守护者之所以选择代理人，是因为他们需要更多的时间去寻求解决卓金虫族遗祸的方案，可这样做的结果是，代理人拥有的能力远远超过了他们所能承担的责任。
战争，在不同的代理人之间展开，几个同源不同路的文明爆发了激烈的冲突，文明融合开始了，可这个过程却不是守护者们所希望的那样和谐美好。
为了停息这无休止的战争，几个守护者终于再次聚首