他邀请奥斯曼人胡尔西帕夏出任埃及总督，并且将一些“反叛者”送到伊斯坦波尔以示“忠诚”。胡尔西并不信任阿里，以苏丹的名义命令阿里和他的军团离开驻防地，去和残余的马穆鲁克势力作战。
同时胡尔西写信，要求苏丹向埃及增兵。胡尔西继续倒行逆施，他的手下们为了敛财也无所不用其极。
然而此时的埃及已经不是当年埃及了，过去的埃及人习惯逆来顺受，而现在他们的民族意识已经觉醒。同时早已经和阿里结盟的教长、乡绅和商人们，也在其中起了重要作用。
埃及成立了埃及长老会。提出未经长老会的许可不得征收赋税，奥斯曼军队滚出开罗。
胡尔西帕夏自然难以接受，于是调集军队试图镇压起义。
埃及人在城市中筑起街垒，双方僵持了数天。长老会突然宣布罢黜胡尔西帕夏，拥立阿里为总督。胡尔西调回的救兵顷刻之间成了自己的催命符。
阿里的军队如英雄凯旋般进入了城市，他在广场上宣布“奉公守法，绝不横征暴敛，尊重长老会。如违此誓，人神共诛。”
胡尔西一面固守山上的城堡，一面求苏丹继续派兵增援埃及。但是起义很快从开罗发展到埃及各地，起义军人数飞速增加，多次击退奥斯曼人的进攻。
然而阿里还有杀手锏，他派人带重金去伊斯坦波尔到处贿赂奥斯曼高管。最终奥斯曼苏丹决定上承天意，下顺民心，封阿里为埃及总督。自此埃及和塞尔维亚公国一样，在实际上获得了独立。
然而让阿里摘了桃子的英法是不可能，善罢甘休的。埃勒菲和巴蒂尔两大马穆鲁克的残余势力，都得到了外国势力的支持。
埃勒菲更是法尤姆聚集了数千士兵，巴蒂尔也组织了地方武装。在英国人的支持下埃勒菲重返埃及中心地带。并且英国人说服苏丹废除阿里，任命埃勒菲为总督，每年向苏丹纳贡8000英镑。
苏丹对于两面三刀的阿里同样没有好感，下令废黜阿里，任命埃勒菲，并且派出了一支三千人的军队配合埃勒菲。此时的埃勒菲已经有7000部队，其中600名骑兵。
阿里知道自己是不可能战胜英国和苏丹联手的，所以他假意接受苏丹的命令。同时积极备战，一方面让长老会联名上书求情。一方面玩弄权术迎回了巴蒂尔派并且告诉巴蒂尔自己是被逼迫的，埃勒菲才是他们共同的敌人。
巴蒂尔派与埃勒菲派本就不和，同时英法矛盾上升双方互不相让，内斗之后实力大减。