但是巴托洛梅的暴行却得到拿破仑的赏识，因为拿破仑自己的做法也差不多。拿破仑将穆盖塔姆山上和城堡周围的居民全部赶走，拆毁房屋，修筑城墙，将大炮对准城市，就好像随时要和埃及人开战一样。
生活在开罗的埃及人，整天要担心山上的大炮和城内的驻军惶惶不可终日。
拿破仑的顾问以己度人，建议拿破仑将所有的可能修筑街垒的地方全部夷为平地。并且强令每家每户夜间都要点长明灯，围着严惩不贷。
然而巡逻的法军却借此找到了“新商机”。一旦发现哪家的油灯被风吹灭或者有油尽灯枯，便会上门索要财物，稍有不从，动辄打杀。
更有甚者为了能勒索更多的金钱，法军士兵往往故意砸碎百姓门口的油灯。
遭殃的不止有埃及平民，马穆鲁克和当地贵族也成了法国人口中的肥羊，土地被没收，财产被征用，任何不配合的行为都可能被认为是对法国人有敌意。
拿破仑的横征暴敛最终导致了先后两次埃及人民大起义。拿破仑的军队在叙利亚战败，法军被迫退出埃及。
法国对埃及的统治，对埃及人来说是一场空前的灾难，但也在客观上促进了埃及民族意识的觉醒。
法国的入侵严重削弱了马穆鲁克和奥斯曼人的力量，但是只有一个人的势力在悄悄壮大，他就是阿里。
战后，埃及明面上存在着三股势力：奥斯曼军队、英国人、以及作为地主的马穆鲁克。
奥斯曼军队有三万陆军由大宰相优素福带领，驻守在开罗和埃及北方。在沿海一带还有六千人的奥斯曼海军。苏丹新任命的埃及省督胡斯劳帕夏，想要彻底消灭马穆鲁克，恢复苏丹在埃及的统治。
残余的马穆鲁克势力人数已经远比不上战前，而且内部派系众多，互相倾轧。大致分为两派，亲英派，以埃勒菲为代表。另一派亲法，以巴蒂尔为代表。他们都想靠外国势力来恢复昔日统治，以达到曲线救国的目的。
英国远征军，集中在开罗和亚历山大港。赶跑法国人后，英国以联合协议书上“英军在埃及各地局势稳定后方能撤军”的条款为由，拒绝撤军。
三方都想控制埃及，掌控尼罗河流域。最先出局的是英国人，法国不甘心失败，极力反对英军占领埃及。在四国条约签订后，英国被迫撤军。
但是英国人走时带走了亲英派的首脑埃勒菲，以便日后干涉埃及事务。
之后英法挑动，马穆鲁克和奥斯曼苏丹之间的对立。矛盾日