侍（西李，后封康妃）抚养。不久，李选侍生下皇女，无暇抚养朱由检，朱由检便改由另一名李选侍（东李，后封庄妃）抚养（一说移宫案后由东李抚养）。
万历四十三年（1615年）五月初四日，有个叫张差的人手持木梃闯入朱常洛的居所慈庆宫，很快就被制服，是为梃击案。出身东林党的官员们认为这是郑贵妃在背后指使，张差在受到三法司审问时也供认是受郑贵妃的宦官庞保、刘成指使进宫。在群臣的一再施压下，多年深居宫中、不见群臣的明神宗朱翊钧为了堵住东林党之口，于五月二十八日早晨亲自到慈宁宫祭拜孝定李太后，接着与朱常洛一起召见大臣，并将三名皇孙（朱由校、朱由楫、朱由检）和一名皇孙女从左右阶下引到石级上来，令群臣熟视，以表明自己绝无易储之意。在这次召见上，朱翊钧还将擅自出班发言“皇上极慈爱、太子极仁孝”的御史刘光复当众拿下，施以廷杖。随后，梃击案以处死张差、庞保、刘成三人告一段落。[15]这次召见也是朱由检第一次公开亮相，据说他当了皇帝后召见群臣时要求锦衣卫随时准备拿人就来源于这次童年经历。
万历四十八年（1620年），朱由检的祖父朱翊钧、父亲朱常洛相继去世，兄长朱由校即位。朱由检作为朱由校唯一在世的弟弟，于天启二年（1622年）九月二十二日被册封为信王。[17]但朱由检并未立即出阁，而是住在紫禁城慈庆宫后面的勖勤宫。[14]
少年时代的朱由检喜欢读书，而且不苟言笑，常常静心养神、正襟危坐，衣冠不整就不见内侍。有陪读的内侍不敢读出声，他就厉声呵斥道：“读书是好事，倒害羞；若唱曲儿，倒不害羞耶？”
明代皇子出阁前没有专门的师傅，因此朱由检遇到不懂的字时，就自行查阅《洪武正韵》《海篇直音》及《韵小补》等书。他并非深居简出，时常微服私访北京市集，购买物品，体察民情，因此对物价一清二楚，即位后亦多次戳破采购宦官说高价钱的谎言。
天启五年（1625年）十一月十二日，朱由校下诏为信王挑选王妃，翌年四月开始在北京动工兴建信王府。天启六年（1626年）五月十九日，礼部奏报顺天府五城两县（大兴、宛平）共有七十七名处女等待挑选。六月二十一日，主持择妃的张皇后以大兴县民周奎之女“丰容端丽”而选其为信王妃。
经钦天监选出吉日，朱由检于天启六年（1626年）十一月二十五日卯时搬移出宫，十二月初八日（一说十二月初十日）午时行冠礼，十二月十六日辰