然而一段时间后，神国与天庭之人因为凡人的信仰，修行大幅度的提升，于是有很多妖魔对于人类产生了敌意，开始引诱人类供奉自己，破坏其他神明雕像，甚至有些妖魔兴风作浪，以人为祭祀，供自己享乐。
东西方两位神族首领眼见自己创造的人类遭受危难，便派下各自势力的神明教导人类修行，反抗妖魔，女娲大神更是毅然舍身化为三界规则，演化天劫，对于杀人过多的妖魔鬼怪进行天劫惩罚，而东方神族势力的领导权则由女娲大神的两个孩子炎帝、黄帝一起继承领导。
此后三界也算平稳安全度过了12个纪元年，凡人界开始飞升仙魔妖圣界甚至飞升神界的人类妖兽也越来越多，随着神明数量的增多，修炼所需要的资源开始日益减少，四方势力渐渐有了摩擦争斗。
一直到某一日，魔族的领导者蚩尤与撒旦暗中勾结妖族，以信仰为阴谋，引动东西神族势力开战，大战持续了半个纪元，东西双方势力损耗严重，魔妖两族见时机已到，起兵攻打东西两方神族势力，后西方众神首领耶和华与东方众神首领炎黄二帝意识到魔妖的阴谋，不计前嫌，合力抗击，四方势力大战使得洪荒神界破碎不堪，甚至引动仙凡两界也大战起来。
最后东西方神族势力因前期大战损耗严重，导致战争节节败退，东西两方神族首领眼见无力回天，下决定以命一搏，三位神明之主以自身生命以及两方的残余神明生命为代价，发动灭世一击，妖魔两族势力损伤严重，十不存一，蚩尤魔神以及撒旦魔神包括五神兽祖兽都未能逃脱，也葬身于这一击之下，洪荒神界也开始支持不住，洪荒神界之心崩溃破碎，化为五行神物掉落于仙凡两界，洪荒神界消散，未死于战争的神魔则也因为洪荒神界破碎，无法逃离，一起随着消散。
自此，仙魔妖界再无法飞升，此次战役纪元历史记载为神界末日之战，又称为
“诸神的黄昏”。随着神界战争结束，仙凡两界也开始停止了战争，但是矛盾依然健在，只不过因为损耗太大，只能休养生息。