真实世界里，傻妞像是感受到了什么，突然闭上眼睛，过了一会儿对着身旁的高明说道：“尼奥体内的程序已经开始启动了。现在已经回到了第二层世界。”
“那史密斯呢？”
“主体史密斯的代码已经完全断裂，矩阵的监控代码已经剃除，他已经成为病毒了。而由史密斯伪装的墨菲斯正在前往第二层世界的锡安。”
傻妞投影出一段视屏来，上面正是史密斯在第一次杀死尼奥后，尼奥觉醒并反杀的画面，而原本可以打的势均力敌的史密斯，也被尼奥一下秒杀。
但在尼奥离开之后，倒在地上的史密斯又站起身来，茫然的看了会儿周围的世界，然后像是想到什么，离开了。
史密斯的作用已经达到了。高明看完这段，站起身来，拍了拍衣服说道：“那地球上的矩阵找的怎么样了？”
“已经找到所有的服务器，矩阵母体所在服务器也已经确认。”
现实世界的矩阵并没有隐藏自己的意思，所有的服务器和生产基地，还有发电机大都存放在地表，仅有几个在地下的，也没有做屏蔽措施。
不过也是，这个世界只有矩阵可以自由活动了，还耗费功夫隐藏自己做什么。这给高明提供了很大的帮助。
“再进行确认史密斯的状态，确认史密斯没有被监视的话，就将他初始化，然后你去伪装成他。”
画面中的史密斯一愣，一道数据流过，虽然模样没有变化，但露出了一个高明十分熟悉的笑容，还对着屏幕比着耶。
“明哥，已经确认过了，不过第三层虚拟空间好像被隔绝了。”
“什么意思？”
“矩阵母体已经将第三层空间锁定，除了几个特定的地方可连通矩阵母体和第二层空间，其他地区已经被封锁，矩阵似乎要重启第三层空间。”
傻妞又具现出一个虚拟的地球，然后一个巨大的网将其笼罩住，只有在先知和梅罗纹加那边有着零星几个空洞。
“没事，有尼奥在，重启不了，准备进入第二层空间吧。”高明也不在意，矩阵是不可能轻易重启第三层空间的。
矩阵的目的是获得人类的感情，现在计划已经进行的很完美，区区一个第三空间，并不会造成阻碍，反而可以更好的成为激发尼奥感情，收集数据的存在。
这一切都在矩阵母体的计算之内，救世主是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类，对抗机器，因此母体完全就可以用“毁灭全人类”来要