中管理文件和人事，无下辖分部，人员全部为总部成员，但是分部中会有专员驻留；
二，圣下厅，司职监督其他各院和秘理院内部事务，收集情报，管理负责同样事务的分部；
三，守观厅：司职对外的侦查与情报收集工作，管理同样事务的分部，而因为分部大多为收取对外情报，所以守观厅管理的人是最多的
四，天上厅：司职战斗相关的秘密行动与实际执行，圣下厅和守观厅只有情报收集处理的权力，但天上厅拥有根据情报进行实际行动的权力。无论是对于内部犯事者的抓捕，还是对外的特殊行动，都是由天上厅负责。
天上厅同样没有下辖的分部，人员平时分散驻扎于特定地点，又在需要时在特殊地点汇合，而神御厅负责在各个厅和分部间的信息通知工作。
这种结构的设计，避免了掌握秘密行动权的秘理院可以自主进行太多的行动，重要的行动都要经过神御厅处理，由姜榆罔知悉决定后，再交由天上厅实际行动，实际掌握最多信息的圣下厅和守观厅并没有行动权。
每个“厅”的负责人的官职称为“秘书长”，寓意为姜榆罔的助手，真正权力掌握于姜榆罔手中，每一名秘书有三位副手，称为“候补秘书长”，秘书长的继任者就从三人中选出。
而各个“厅”以下，除了没有分部的天上厅和神御厅，就是各自管辖的分部，分部的负责人称为“秘书”，每人有两位副手，即为“候补秘书”。候补秘书将会是秘书的继任人之一。
分部级以下为队级，称为“队长”，一般负责实际的事务处理，是一线事务领导。总部的队长与分部的“候补秘书”同级，分部的队长则要低一级。
队长设一名副手，称为“教导”，负责帮助队长管理事务，同样是队长的继任人之一。无论是分部的长官“秘书”，还是队的“队长”，除了副手可以称为继任者之外，还可以选择其他人来担任，人事的讨论由神御厅负责。
而厅的负责人“秘书长”，除了姜榆罔直接任命的情况之外，就只有从三名副手中选出。
队级以下，为组级，也是秘理院最基层结构，设一名组长，一名副组长。组长的任命由所属的队给出方案，神御厅决定。副组长则是由组长选任。
总部的组长相当于分部的教导。
整个秘理院中，最低级的成员称为接引，这个名称一方面强调秘理院的特殊性，另一方面也是一重代号上的伪装。
以分部组员为1级成员，分部