化平叛不力，不仅妇人之仁，让叛军兵不血刃的进入了登州城内，让官军的围剿陷入了被动，更为重要的是，登州城内的大量火炮和工匠，也一并送给了叛军。
后来叛军渡海北上投降了满清，这些先进的火炮和掌握铸炮技术的工匠也一并给带到了辽东。
在朱由检眼里，孙元化就是一个技术官员，管着造枪造炮还行，要是让他管理军政，那就是识人不明外加强人所难了。
在朱由检的那个时代，对人才分的十分细致，即使是在企业之中，管理人才和技术人才也是分开的，一个技术大牛把团队带的一团乱麻的例子，朱由检见得不要太多。
所以对于孙元化，徐光启也举荐他出任登莱巡抚，但却被朱由检直接给留中了。
朱由检知道孙元化有才，但就是找不到合适的位置安排他，人才放不对位置，那比庸才还要可怕。
所以得不到天子亲睐的孙元化，便一直在松江老家钓鱼。