他与钱谦益等东林党人事有着密切的往来，涉此案中之后深怕崇祯误会了其中的关系，以为他勾结外臣，行为不轨，于是在钱谦益来找他后想都没想就满口答应了，毕竟他也要为自己的前途考虑。
他向皇帝直接奏明了此事，为自己辩解，同时要求皇帝让他亲率东厂厂番调查此事，以杜绝小人诬陷大臣，搅乱朝政的歪风。
崇祯本来就心性多疑，听得曹化淳报告也觉其中有些蹊跷，便同意的曹化淳的请求。
于是曹化淳便马上将张汉儒，陈履谦提到东厂来严刑拷打，两个软骨头怎受的了这等苦，马上就将事情的前后因果交代的清清楚楚。
曹化淳拿着口供反馈给崇祯，崇祯帝见到并没有什么疑点，也就决定免除对钱谦益和瞿式耜的查处，并命将陈履谦和张汉儒交刑部议处。正巧刑部尚书郑三俊也是东林一党的人，于是再审别无异词，议定对陈、张二犯各杖责100，枷号3个月，两人先是被打的一佛出世二佛升天，接着又连日在街头游街示众，加上在刑部牢里毫不留情，三个月未到便就死了。
这事过后，东林党可以说是毫发无损，但温体仁却是问题大了。
东林党接着对他展开了猛烈的反击，追究他查事不明的责任，夹杂着以往的是是非非，他们的参奏总结总结就一句话：“温体仁志大才疏，实乃庸才一个，不堪首辅重用。”
遇到这样的参奏，温体仁按惯例又要提出三次的辞呈，对此温体仁并不觉的慌乱，这事他已不是第一次了，也用不着大惊小怪，三次辞呈之后他便还是内阁首辅，没有什么要紧的。
前两次的辞呈的确都让崇祯给驳了回来，但第三次的辞呈崇祯帝却批示“放他去”三个大字，温体仁全然没有准备，在家中吃饭时听到这个消息，惊得筷子都掉在了地上。
这位在崇祯朝中一待就是好几年，这对用人反复无常的崇祯帝来说已实属不易，说明崇祯对他也不是全无感情的，只是崇祯要励精图治，就不能要他这个毫无干才，只会耍小聪明的臣子，可以说在开始时温体仁的命运就已经注定，现在该到他走的时候了。
崇祯帝到底还是对温体仁有些难以割舍的情怀，在他临走时不仅送他黄金锦缎，还派专人护送他回浙江老家，这在以前可是前所未有的。
在温体仁这个首辅走后，内阁的班子便又空缺了下来，找谁来补却也是崇祯头疼的问题。
本来崇祯是有意陈渊的，在他来京的那会儿，他就有冲动把他选进自己的内