陈渊打造登州水师，一方面是为了让登州兵马有渡海辽东作战，加强登州的抗金桥头堡的作用，另一方面，他还有恢复朝廷对东江镇的管辖。
如果说登州乃陈渊对抗后金的桥头堡，那么东江镇就是抗金的军事根据地。
在天启二年之时，明将毛文龙收残兵溃民于皮岛，建立袭扰金国后方的军事根据地，并屡次偷袭得手，取得了很大的成果，扰得金国也是头大的很，每次对明在辽锦前线时都不敢全力以赴。
朝廷对于有这么一支奇军的存在，也是大感高兴，特意在旅顺口以东地区设立东江镇，管辖皮岛为中心的身弥岛、广鹿岛、石城岛、獐子岛、鹿岛等诸多岛屿，而毛文龙，也累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，可谓是一时之雄也。
朝廷对东江镇给予厚望，连番薯朝鲜也是多加支持，据说朝鲜国内为了支援东江镇的抗金事业，每年要耗费其三分之一的财政收入，在其国内的平安道与黄海道收赋税“毛米”，一直持续到了清朝中后期。
但就是这样重要的位置，却被崇祯初年的袁崇焕给搅黄了。
在崇祯二年的时候，新任辽东督师突降皮岛，目的就是前来诛杀“皮岛岛主”毛文龙的，而毛文龙对此毫无防备，还客气地请他进帐吃酒。
在酒宴之上，袁崇焕突然发作，命左右手绑了毛文龙，在他部将面前细数他的罪过，然后用同样是皇帝赏赐的尚方宝剑斩杀了毛文龙。（前文提到的，毛文龙其实也有一把尚方宝剑，不过那是前任天启给的，而袁崇焕这把是崇祯给的。其实这玩意儿的象征意义大于实际意义，就如同丹书铁卷一样，皇帝说有效就有效，无效就无效，从某种意义上来说袁崇焕这把代表了崇祯赋予的权利，而毛文龙那把所赐之皇帝天启早已作古，时效性上不免差了一些。）
袁崇焕斩杀毛文龙无论是从国家战略层面还是从他的个人角度来讲都是极其错误的，这也为他与崇祯帝的离间提供了契机。
关于袁崇焕为何要杀毛文龙，古今中外都有说法，其中一种比较可信的观点是认为事情的起因在于袁崇焕对毛文龙在东江镇的高度自治权产生的不满。
毛文龙在皮岛镇守经营多年，在辽东半岛上固然给后金制造了不少的麻烦，从侧面牵制了后金对明朝的正面进攻，但却也因为孤悬海外，难以受到朝廷的节制，常常对朝廷的响银照单全收，而对朝廷的命令的执行有所选择。
袁崇焕杀毛文龙，是想要更好的随他的意思控制这支抗金力量，在与崇祯帝