上清大捷，可以说是暂时稳定了陕北局势，但整个大明朝的三边之地却已逐渐糜烂。
16世纪末期到17世纪初期，大明北境气候异常，年年干旱，直接导致了农业的欠收，加之土地兼并与政治的腐败，百姓生不如死。
在举目无望之计，起义就成为了唯一的选择，其中王二在白水首举义旗，之后陕西许多地方的饥民也闻风而动。
光崇祯元年的大贼就有府谷县的王嘉胤，安塞人高迎祥，清涧县人王左挂，汉南人王大梁等，尽管农民军声势浩大，但却引不起朝延的足够重视，此时的大明朝，在新皇崇祯的带领下仍是以处理阉党余孽为中心工作。
虽然权奸宦官魏忠贤早在天启七年年底就被绳之以法，其羽翼“五虎”，“五彪”等也全部获罪死刑，可那些曾生活在阉党恐怖统治之下的文人士大夫们显然是不太满意的，他们必须要将阉党连根拔起，永绝后患。而为了巩固自己的统治，崇祯帝也不能不认真彻底地扫除魏忠贤在宫廷内外的各种残余势力，何况他自己对于审理案件又有一股特殊的兴趣。因此在崇祯元年，清查阉党就成了朝廷中引人注目的一件大事。
首先倒霉的是一些无关紧要的皮皮虾，如公然宣称魏忠贤功德不在孔子以下的监生陆万龄，上疏攻击张皇后的刘志选、梁梦环，等等，都被人纠弹而逮捕入狱，之后的大老虎包括兵部尚书霍维华、御史杨维垣、司礼监秉笔巾帽局掌印太监李永贞一干人等也相继倒台。
自崇祯元年中期起，一些御史们已经开始提出，要对魏忠贤和他的亲信党羽进行一次统一的定案处理，本着不放过一个阉党的原则，把他们全体集中在一个大案中，就叫作“逆案”，意思是说魏忠贤一伙欺君误国，甚至有大逆谋反的打算。
“逆案”是在崇祯二年三月十九日正式确定的，案中共开列魏忠贤等225人，分为8大类，涉及文武官员包括外任大臣、一品大员、高爵显者，涉及之广，影响之大，处理之重，在明代是极为少见的。
阉党“逆案”之后算是告以段落了一段时间，可这一切并不意味着结束，此案造成的绵绵不断的政治纠纷与动乱，还会给下一轮政治斗争中的野心家们提供无限的契机。在另一个时空中，它还延续到了南明的小朝廷中，翻来覆去，总是笼罩着明廷政坛。
就在明朝的政治家还在明争暗斗之时，危机正在步步逼近。
早在崇祯元年七月，陕西巡按御史李应期就曾上言道：“全陕地多硗确，民鲜经营。慨自边疆多事，