更换了浑浊的lcl液体，三台eva，扛着旗帜在第三新东京市示威，宣扬‘使徒的命也是命’。在自己管理的地方发生了这种事情，碇源堂意识到问题的严重性，因为seele很有可能以这个为借口削减自己的力量。当然也可能会直接空降个什么人来接替自己。
其实司令也知道seele在自己身边安插了不少间谍，加持就先不谈了，他本来就是多面间谍。还有真希波，那个大白天跳伞潜入的家伙，肯定也是带着seele命令的。真希波是个麻烦的家伙，这个女人捉摸不定，虽然是妻子的好友，但她不见得会支持自己。
现在又发生了驾驶员捣乱事件，更是让seele有足够的借口。碇源堂心想杜兰这个家伙也太可恶了，他到底哪里得到技术的？竟然制造了移动电池，那应该是核燃料电池吧，可到底是如何转化的？
at力场已经很玄学了，杜兰开发的核电电池也一点也不科学。到底核能是怎么转化为电能的？散热又是如何解决的？又如何做到小型化，抗震动的？各种问题杜兰到底是如何解决的？
总之很是无奈，eva有了电池，就不需要依靠神经元的支援，完全不收管控，彻底造反了。
“现在怎么办？”副司令也傻眼了，这个时候他能想到的办法就是把零号机和六号机全部派出，或许还有机会，不过不管战斗是不是完美收场，作为司令肯定是罪责难逃。
“静观其变吧。”司令表示这次他要主动上报，告诉他们这是杜兰在搞事情。而杜兰是从seele眼皮底下逃走的，seele也有责任。
seele知道初号机和三号机背叛，被夺走的五号机也出现了，立刻就暴怒，因为杜兰这是在挑衅。可惜四号机的无时限能源实验失败了，导致四号机打开了狄拉克之海，被反物质吞噬。所以现在他们对搭载核电池的eva无能为力。
能源问题，seele其实也在努力解决，不过他们的解决方式是给eva安装s2机关，四号机就是试验机，不过因为实验失败，所以研究也延后了。现在随着各种情况的变化，导致他们手里竟然只剩下零号机、二号机和六号机，初号机、三号机、五号机全变节了。虽然主要是杜兰的缘故，但碇源堂这个家伙也有不可推卸的责任，要不是他把儿子送上初号机或许不会有这样的结果。还有傀儡系统的研究也不成功，竟然只能启动一次，这是开什么国际玩笑？
双方虽然是一个组织内的，但互相推卸责任，都表示这次灾难性的问题不是自己