次医疗改革。先是成立皇家医学院，任命吴有性为第一任院长，由他负责招揽天下名医，汇集中外医学著作进行研究，由传统的“望、闻、问、切”转向注重人体解剖、研究器官机理和消除致病因素等实用医学。
可以说这是一次颠覆性的改革，为了保证中医理论占据主导地位，朱由校不惜花费重金刊发传统的四大医学经典，此外还有《外经》、《千金方》、《白氏内外经》、《扁鹊内外经》、《旁篇》等。捧着这些中华民族的瑰宝，朱由校激动的热泪盈眶。从1644年到1949年，中华民族经历了碎骨般的浩劫，西方人不仅榨干了五千年的文明成果，而且还抢夺、焚毁了许多文物古籍，致使我们的文化传承出现断代。
在皇家医学院成立的当天，朱由校作为一国之君兼学院的发起人、投资人，被众人一致推选为名誉院长。朱由校心想外行是不能领导内行的，红着脸慌忙摆手推辞道：
“医学的发展是没有尽头的，朕不过粗读过几本医术，连西洋大夫都不如，哪里敢担此重任。何况朕成立皇家医学院的初衷是依靠集体的智慧去探究医疗知识，为天下苍生减轻疾病和死亡带来的痛苦。所谓医者仁心，朕已决定让一位本朝的医学大家获此殊荣。”
说完命人揭开身后的红布，一尊巨大的李时珍铜像在太阳底下熠熠生辉，望着众人不解的眼神，朱由校继续说道：
“生于正德年间的李时珍，为了收集医药，尝遍奇花异草，几次差点染剧毒身亡，终以生命撰写成《本草纲目》一书。此书的价值远不是我们这一代人能理解的，可能千百年后整个人类都会受益，因此朕不但决定钦命他为皇家医学院的名誉院长，而且还在他的老家修建祠堂，四时供奉香火灯烛，以便后人祭拜瞻仰。”
此时李时珍的大名早已在医学界和民间广为流传，《本草纲目》更是成为了医学宝典进行刊印，甚至被翻译成洋文流传海外。对于皇帝的推崇，众人虽然觉得有些匪夷所思，但真这么做了也无话可说。李时珍在嘉靖三十年时就被楚王朱英裣聘为王府的奉祠正，五年后入京任太医院判，可谓年少成名，前程似锦，然而太医院这座池塘养不住李时珍这条巨龙，没多久他便辞官回乡，潜心著述，仅参考书籍就多达九百二十五部。期间他多次离家外出考察，足迹遍布湖广、安徽、河南、河北等地，历经二十七个寒暑，记录数千万字的札记，三次修订原稿，终完成一百九十二万字的医学巨著《本草纲目》。
关于李时珍，民间有雨湖传说的轶事。相传他出生那天