并在当地修建深水码头和永久军事工程，与袁崇焕、朱夔元等人对南越郑氏、广南阮氏形成南北夹击的势态。
为了消除这些藩属国的戒心，朱由校参照与织田信衡的先例，命信王迎娶暹罗公主甘雅，并以立法的形式将暹罗、真腊、占城列为不征之国，进一步孤立南越。同时将佛教定为中南半岛和南越群岛的国教，日常教育以儒家思想为正统，禁止传播外来宗教和文化。
在明朝的重压之下，郑氏、阮氏政权开始出现内乱，先是黎敬宗与郑椿合谋，计划杀死郑松夺回皇权，被郑松识破后立即逼迫黎敬宗自缢而死，这导致广南的阮福源彻底断绝了与郑氏的关系，两国共同对抗明朝的计划落空。为了替自己留一条后路，阮福源随后将女儿阮玉嫁给了真腊国王吉哲塔二世，并获得了普利安哥地区的大片土地作为战略迂回空间。