此次人口普查的推进激起了各地士绅的强烈反抗，幸好朱由校已经做好了充分的思想准备，除了让东厂和锦衣卫进行监视外，还调动皇家陆军到个别州府维稳。看着书案上诉苦的奏折，朱由校突然想到崇祯皇帝当年向大臣们募捐的场景，一个个说的比海瑞还清廉，可李自成入京后果断将他们抄家，光是明账就有数千万两白银。
好在朱由校此时并不想抄他们的家，对他们自私自利的言行并未放在心上。每每靠在椅子上休息的时候，他闭上眼睛就仿佛看到海洋上的波澜壮阔，以及欧洲人那冰冷的海炮和贪婪的笑容。可悲的是明朝的官僚正在为自己那一亩三分地的得失争吵不休，将来洋鬼子打进来肯定也是卖国求荣的玩意，想到这里朱由校认为需要适当的来一次权力的重组。
眼下明朝的疆域西起乌拉尔山和里海，西南以厄尔布兹山脉为界，北部濒临北冰洋，最南端为苏门答腊岛上的旧港宣慰司，成为当今世界最为庞大的帝国。虽然很多地方只是名义上的统一，蒙古草原、北疆和日本的藩属国林立，但随着中原人口的剧增明朝已经开始进行大规模的人口迁徙，一方面缓解内地的社会压力，另一方面巩固边疆地区的统治。在这种新的形势下，朱由校决定重新设置战区，为下一步的对外扩张做好准备工作。
北方战区以沈阳为中心，前沿为雅库斯克、海参崴、子卿城、叶尼塞河三卫。内部将上京改名为哈尔滨，作为黑龙江布政使的首府。改黄龙府（正是岳飞曾说的“直捣黄龙府，与诸军痛饮耳”中的黄龙）为长春，作为吉林布政使的首府，同时合并塔木卫、亦东河卫、木古河卫。将科尔沁部、插汉部、鄂尔多斯部以及长城往北四百里的草原合并为内蒙古宣慰司，首府为乌拉巴托。以上区域作为北方战区的管辖范围，其主要任务是维持内部的秩序，打击反叛的游牧部落，保护迁徙到境内的汉人的安全。
西部战区以成都为中心，除四川、甘肃、陕西、宁夏、青海外，还包括吐鲁番的哈密、南疆的乌鲁木齐，以及乌斯藏都司、朵甘都司。为了加强对西藏的管理，战区设立后立即派驻军队到拉萨和林芝，收回藏巴汗的军事指挥权。派驻流官到拉萨、林芝等地，结束高原上长期脱离内地文明的落后局面。
西部战区的主要任务是对外联合沙俄、波斯共同维护丝绸之路的畅通，阻止奥斯曼帝国向里海以东渗透。对内加强朝廷在中亚地区的影响力，迁徙人口前往拉萨、林芝、西宁、哈密、乌鲁木齐等地，同时开始测绘伊利、阿拉木图和里海东岸的地形，准备恢复唐