此时欧洲大陆已经陷入三十年战争，西班牙的日子并不好过，先是海上的无敌舰队被英格兰人打败，导致美洲的利益损失大半；而后尼德兰在明、英的支持下独立，自己在欧洲的地位严重削弱。如今克伦威尔重提当年的吕宋惨案，西班牙使者阿拉贡内心非常气愤，小心翼翼的说道：
“大明皇帝陛下，今天是您大喜的日子，本使带来了西班牙最真诚的祝福和丰厚的礼物，希望两国能尽释前嫌，共同在贸易中获利。本使听说您的一位爱妃乃是波斯公主，当年就是被谢利兄弟贩卖到了阿拉伯一带，几经波折最后才来到大明王朝，可见好事多磨，有情人终成眷属。”
谢利兄弟曾经是波斯的军事顾问，深得阿巴斯大帝的信任，不料他们却做出如此禽兽不如的事情，为此波斯已经明令禁止英格兰人在境内活动。阿拉贡提及此事，一是反击克伦威尔，二是想离间明朝和英格兰的关系。
朱由校当然明白他的意思，心里暗骂两国都不是什么好鸟，可吕宋惨案对于明朝来说影响更大一些。所谓前事不忘后事之师，嘉靖年间西班牙东印度公司的雷加斯比来到菲律宾进行殖民掠夺，并在马尼拉修建城堡。
当他发现明朝北有鞑靼和土蛮，西南有土司叛乱，东南倭寇横行，加上内地灾情不断，就写信给西班牙国王菲利普二世发兵入侵明朝，后因西班牙陷入王室继承危机才不了了之。明朝虽然免于一场外患，但是万历三十年阎应龙、张嶷等人在吕宋开采金矿，引起了西班牙殖民者的恐惧和觊觎，次年大规模屠杀当地的华人，受害者多达二万五千人。
朱由校从宫廷档案中调出了该案的卷宗，发现神宗皇帝只是斩杀了张嶷，对西班牙人却没有任何惩罚，悲愤之余他派遣熊文灿、颜思齐率水师围住马尼拉，用重炮射杀城内的西班牙人和倭人，将吕宋岛纳入明朝领地。事后腓力四世为了避免与明朝为敌，委派阿拉贡为驻华大使和东印度公司总督，将当年参与吕宋屠杀的几名头领交予大理寺，希望两国能够修好通商。
如今明朝与波斯、日本进行政治联姻，腓力四世明白这将影响以后亚洲的局势，本想借着这个机会再次向明朝示好，尽量维护他们在东方的贸易利益。阿拉贡不辱使命，前期做了大量的铺垫，没想到半路杀出了克伦威尔，差点让他搅了局，继续申辩道：
“那次不愉快的事件完全是东印度公司的个人行为，我们的国王腓力大帝为此深表惋惜。为了挽回两国的邦交关系和贸易往来，不但主动将几名要犯交给贵国惩处，并且拿出二十万