目前朝堂里有半数以上的大臣是朱由校直接提拔的，特别是武将都曾跟着他北伐和西征，无不崇尚皇帝的披坚执锐，舍生忘死。他们见朱由校语气坚定，心知大战来临，征服倭国与以往陆战不同，需要海军的鼎力支持。孙承宗作为帝师，深知当年太祖朱元璋不争倭国的无奈，上前劝谏道：
“有明一代倭寇祸乱东南，劫掠不尽，死伤无数，大明百姓对其恨之入骨。如若圣上振臂高呼，天下必然响应，可以说抗倭几乎不需要朝廷进行动员便可以全民皆兵。不过北方初定，民族联盟和丝绸之路都需要派出军屯驻防，如此广阔的疆域也需要设置流官管理，这至少需要十年的时间。”
对于孙承宗的建议，朱由校也知道目前远征倭国并不是当务之急，朝廷的首要任务是消化东三省和河套、贝加尔湖、吐鲁番、青海的疆域，然后持续推行新政，通过军事改革和公路网建设强化对传统的两京一十三省的控制。不过随着海外贸易的繁荣，倭寇的隐患愈发严重，这种潜在的威胁就像搂着一颗不定时炸弹，始终让人无法安心。
“朕看宫廷档案，嘉靖末年戚少保和俞将军彻底平息了倭患，但他们的主力尚在，转头便前往南洋一带作乱。商周祚和南居益、沈有容他们都曾与这些倭寇交战，具体的战况就由南爱卿给大家讲讲。”
与倭寇、红毛夷的海战是南居益的成名之作，数次交手都以少胜多，这才引起朱由校的重视。目前南居益已由福建巡抚调任东海舰队的总督，与东部战区都督洪承畴共同负责征服倭国的战略，可谓红极一时，位高权重。青云直上的南居益深知今日之功全依仗小皇帝鼎力支持，对其感激涕零，闻听朱由校的话后恭谦的上前回道：
“启奏圣上，天启二年臣巡抚福建，曾在东沙群岛一带与倭寇的村上舰队交火，一战尽数歼灭了一百多艘战船。今年年初，华远贸易公司的商船遭到西班牙的骚扰，臣与郑芝龙将军一同在澎湖海域将其击败，并生擒夷王高文律。”
南居益轻描淡写的讲述了两场海战的经过，朱由校深知其对中华民族的意义，郑重其事的说道：
“南爱卿两次抗击外族，与先前的戚少保、俞将军、胡总督以及现任两广总督的商周祚都可以称作中华民族的英雄。只是夷人虽败，但元气尚在，要想彻底消除海患还有很长的路要走，切忌骄躁。”
说完他不等南居益回话，转头又对黄克缵说道：
“朕听萱萱说你的老家时梅林，想必黄五部少时也曾亲眼目睹过这些倭寇和红毛夷是如