却说杨镐覆军塞外，败报上闻，盈廷震惧。言官交章劾镐，当下颁诏逮问，另任兵部侍郎熊廷弼，经略辽东，也赐他尚方宝剑，令便宜行事。廷弼奉命即行，甫出山海关，闻铁岭又失，沈阳吃紧，兵民纷纷逃窜，亟兼程东进。途次遇着难民，好言抚慰，令他随回辽阳。有逃将刘遇节等三人，缚住正法，诛贪将陈伦，劾罢总兵李如桢，督军士造战车，治火器，浚濠缮城，严行守御。又请集兵十八万，分屯要塞，无懈可击。满洲太祖努尔哈赤，探得边备甚严，料难攻入，遂改图叶赫。叶赫兵尽援绝，眼见得被他灭亡了。详见《清史演义》，故此处只用虚笔。
神宗仍日居深宫，就是边警日至，亦未见临朝。大学士方从哲，及吏部尚书赵焕等，先后请神宗御殿，召见群臣，面商战守方略。怎奈九重深远，竟若无闻，任他苦口哓音，只是闭户不出。半个已死，哪得长生。未几，王皇后崩逝，尊谥孝端，又未几，神宗得疾，半月不食，外廷虽稍有消息，未得确音。给事中杨涟，及御史左光斗等，杨、左两人特别提出。走谒方从哲，问及皇上安否?从哲道：“皇上讳疾，即诘问内侍，亦不敢实言。”杨涟道：“从前宋朝文潞公，问仁宗疾，内侍不肯言。潞公谓天子起居，应令宰臣与闻，汝等从中隐秘，得毋有他志么?内侍方说出实情。今公为首辅，理应一日三问，且当入宿阁中，防有他变。”从哲踌躇半晌，方道：“恐没有这条战例，奈何?”涟又道：“潞公事明见史传，况今日何日，还要讲究故例么?”从哲方才应诺。实是一个饭桶。越二日，从哲方带领群臣，入宫问疾，只见皇太子蹀躞宫前，不敢入内。杨涟、左光斗，时亦随着，瞧这情形，急遣人语东宫伴读王安道：“闻皇上疾亟，不召太子，恐非上意。太子当力请入侍，尝药视膳，奈何到了今日，尚蹀躞宫外?”王安转语太子，太子再四点首，照词入请，才得入内。惟群臣待至日暮，终究不得进谒。
又过了好几日，神宗自知不起，乃力疾御弘德殿，召见英国公张维贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游等，入受顾命。吴道商时已罢去，故未及与列。大旨勗诸臣尽职，勉辅嗣君，寥寥数语，便即命诸臣退朝。又越二日而崩，遗诏发帑金百万，充作边赏，罢一切矿税，及监税中官，起用建言得罪诸臣。太子常洛承统嗣位，是谓光宗，以明年为泰昌元年，上先帝庙号为神宗。总计神宗在位四十八年，寿五十八岁，比世宗享国，尚多三年。明朝十六主中，算是神宗国祚最长，但牵制宫帷，宴处宫禁，贤奸杂用