狐狸，生擒狐狸弟长秃，狐狸情愿降附，乞赦乃弟。继光乃将长秃释回，酌定每岁贡市，一面由巡按辽东御史刘台，上书奏捷。居正以巡按不得报军功，劾台违制。台亦抗章劾居正，说他擅作威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维等为爪牙，排斥万士和、余懋学等，统是罔上行私的举动，应降旨议处等情。居正自入阁秉政，从未遇着这种弹章，见了此疏，勃然大怒，当即具疏乞归。神宗急忙召问，居正跪奏道：“御史刘台，谓臣擅威福，臣平日所为，正未免威福自擅呢。但必欲取悦下僚，臣非不能，怎奈流弊一开，必致误国。若要竭忠事上，不能不督饬百官。百官喜宽恶严，自然疑臣专擅。臣势处两难，不如恩赐归休，才可免患。”说至此，随即俯伏，泣不肯起。无非要挟。神宗亲降御座，用手掖居正道：“先生起来！朕当逮问刘台，免得他人效尤。”居正方顿首起谢。当下颁诏辽东，逮台入京，拘系诏狱，嗣命廷杖百下，拟戍极边。居正反上疏救解，故智复萌。乃除名为民。未几，辽东巡抚张学颜，复诬劾台匿赎锾，想是居正嗾使。因复充戍浔州。台到戍所，就戍馆主人处，饮酒数杯，竟致暴毙。这暴毙的情由，议论不一，明廷并未诘究，其中弊窦，可想而知，毋庸小子赘说了。不说之说，尤胜于说。
到了万历五年，居正父死，讣至京师。神宗手书宣慰，又饬中使视粥止哭，络绎道路，赙仪格外加厚，连两宫太后，亦有特赙，惟未曾谕留视事。时李幼孜已升任户部侍郎，欲媚居正，首倡夺情的议论。冯保与居正友善，亦愿他仍然在朝，可作外助，遂代为运动，传出中旨，令吏部尚书张瀚，往留居正。居正也恐退职以后，被人陷害，巴不得有旨慰留，但面子上似说不过去，只好疏请奔丧，暗中恰讽示张瀚，令他奏留居正。瀚佯作不知，且云：“首相奔丧，应予殊典，应由礼部拟奏，与吏部无涉。”居正闻言，很是忿恨。又浼冯保传旨，责瀚久不复命，失人臣礼，勒令致仕。于是一班趋炎附势的官员，陆续上本，请留首辅，奏中大意，无非把移孝作忠的套话，敷衍满纸。移孝作忠四字，岂是这般解法。居正再请终制，有旨不许。又请在官守制，不入朝堂，仍预机务，乃邀允准。连上朝都可免得，是居正死父，大是交运。居正得遂私情，仍然亲裁政务，与没事人一般。
会值日食告变，编修吴中行，及检讨赵用贤，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝等，应诏陈言，均说居正忘亲贪位，炀蔽圣聪，因干天变云云。居正得了此信，愤怒的了不得，当下通知冯保，教他入诉神宗，概加廷杖