却说元顺帝闻通州被陷，惶急异常，亟御清宁殿，集三宫后妃，及太子爱猷识理达腊，准备北行。左丞相失烈门，及知枢密院事黑厮，宦官伯颜不花进谏道：“陛下宜固守京都，臣等愿募集兵民，出城拒战。”顺帝道：“孛罗扩廓，屡次构乱，京中守备，空虚已久，如何可守?”伯颜不花大恸道：“天下是世祖的天下，陛下当以死守，奈何轻去?”顺帝道：“今日岂可复作徽、钦?朕志已决，毋庸多言！”伯颜不花再三泣谏，顺帝拂袖还宫。到了黄昏，召淮王帖木儿不花，及丞相庆童入内，嘱令淮王监国，庆童为辅。两人受命趋出，遂于夜半三鼓，开建德门，挈后妃太子北去。徐达率着明师，进薄齐化门，将士填濠登城而入，达亦上齐化门楼，擒住元淮王帖木儿不花，及左丞相庆童，平章迭儿必失朴赛不花，右丞相张康伯，御史中丞满川等，劝令归降，皆不从，一律处斩，宦官伯颜不花，先已自尽，元宣府镇南威顺诸王子六人，亦为明军所擒。达遂封府库图籍宝物，用兵守故宫殿门，不准侵入。宫人妃主，令原有宦侍护视。号令士卒，秋毫无犯，人民安堵，市肆不移。于是遣将赴应天告捷，一面命薛显、傅友德、曹良臣、顾时等，率兵分巡古北诸隘口，一面令华云龙经理故元都，增筑城垣，专待太祖巡幸。是段为元亡之结束。
太祖闻报，下诏褒奖北征军，且以应天为南京，开封为北京，并订定六部官制，各设尚书侍郎等官。先是明初官制，略仿元代，立中书省，总天下吏治。置大都督府，统天下兵政。设御史台，肃朝廷纲纪。至是改立六部，定为吏、户、礼、兵、刑、工等名目。后来胡惟庸伏法，复罢中书省，废丞相等官，以尚书任天下事，侍郎为副。复分大都督府，为五军都督府，统属兵部节制，权力远不如前。并增设都察院，统辖台官，这是后话慢表。叙述明初官制，以便阅者考核。
且说太祖以元都既定，启跸北巡，留李善长与刘基居守，自率文武百官，渡江北行。雨师洒道，风伯清尘，遥望六龙，相率额手。沿途所经，蠲免逋赋。既至北京，御奉天门，召元室故臣，询问元政得失。故臣中有一文吏，姓马名昱，顿首道：“元得国以宽，失国亦以宽。”太祖道：“朕闻以宽得国，不闻以宽失国。元季君臣，日就淫佚，驯至沦亡，是所失在纵弛，并非由过宽所致。圣王行政，宽亦有制，不以废事为宽；简亦有节，不以慢易为简。总教施行适当，自可无弊。”马昱之言，不能无失，明祖之言，恐亦未能实践。马昱惭谢而退。太祖又令放元宫人，免致怨旷。此外一切布置，概如徐达所定