接下来钟进卫连着两天，都早起晚归地进宫议事。第三天后，商议的事情就开始实施了。
先是封曹文诏为靖北伯，接替兴国公执掌京营。曹变蛟、黄得功为副总兵，成为曹文诏执掌京营的左膀右臂。
孙可望、李定国、李文秀、艾能奇在此次战事中表现优秀，功劳甚大，也被越级提升为游击一职。
参与战事的全军京营将士论功行赏，都各有赏赐。除必要的勋章之外，朝廷还给了京营将士两个选择，银钱奖赏或者辽东土地奖赏。
京营中只有一小部分祖籍在辽东的将士选择了土地，大部分则选择了银钱。毕竟京营将士的家都在京师，银钱对他们来说更为好用。
接着朝廷又公布了辽东的安排，登莱巡抚卢象升升任辽东总督这个新职位，掌管辽东军政大权，同时兼任兵部尚书，驻地为哈尔温，改名哈尔滨。
原永平代理巡抚左应选调任辽东巡抚，主持辽东战后恢复。驻地为辽阳，主要负责辽东南部区域的军政，受辽东总督的管辖。
原辽东副总兵何可纲封为科尔伯，领军驻守科尔沁草原。负责在草原上兴建科尔沁城，管理科尔沁草原的军政大权。
原辽东总兵官祖大寿封为镇北伯，驻守原奴儿干都指挥使司治所所在地特林。负责为大明镇守北疆并往北开拓疆域。
原宁远参将吴三桂终于比历史上晚了几年升为了科尔总兵官，受何可纲指挥，负责科尔沁草原的军事，并向北开拓大明疆域。
科尔沁族因在此次战事中表现出色，义务兵役缩短为五年，且免除了第一年的义务劳动。其中科尔沁族的两位领头人，即原达尔罕王的两个儿子吴克善和察罕，分别被封为太平伯和固平伯，分别赐京师府邸一座，入京师享受荣华富贵。
关宁军和登莱军中立功将士，全部得到奖赏，具体为现银和土地以及女真奴隶，数目的多少以功劳多少为参考。不管如何，这些将士一下都成了东北的地主。
至于在辽东建虏统治下的汉人，则由辽东巡抚进行贾别，无重大恶迹的汉人会分到一小块土地。至于有重大恶迹的汉人，就按汉奸论处。
和圣旨一起往前辽东的，还有大量的锦衣卫政委，由锦衣卫指挥同知陈玉康带队，开始按照京营编制整编关宁军和登莱军。
同时朝廷正式公布边军整编方案，即现有边军要拆分为野战军团和地方军团两种。山西、直隶所在的边军由蓟辽督师孙承宗负责；甘肃、陕西的边军由三边总督洪承畴负责。