十九日，浙闽军弃瓯海渡永嘉江北撤加强永嘉的城防，淮东军部将张季恒率部随即收复瓯海。二十二日，清除永嘉江下游障碍清除干净，靖海水营近百艘战船进入永嘉江水道。
永嘉城位于楠溪江下游河谷之中，两侧皆崇山峻岭，特别是永嘉与乐清之间的北雁荡山，万山重叠，群峰争雄，悬嶂蔽日，路绝径断，大股兵马绝难通行。浙闽军依永嘉城、上塘等城固守，只要北面的仙居、临海等城不失，就不虞后路给断。
世人揣测淮东军会先一步收复瓯海南面的横阳、平阳、苍南等县进逼闽北之时，靖海水营却利用两天时间就在楠溪江汇入永嘉江的河汊口搭设两座栈桥，大股兵马分从永嘉江南岸的瓯海渡江以及从乌山尖沿永嘉江北岸地进逼。
永嘉城就地势来看，虽说不怕后路给断，但筑在楠溪江下游河谷之中，从河汊口进入，沿楠溪江两岸是纵深二十余里、宽四五到七八里不等的浅阔河谷平原，足以供淮东军大股兵马展开从正面进逼。
奢飞虎击败叶肃所部夺回永嘉城里，对满城军民进行残酷的屠杀，周遭民众从此避永嘉城而走；除少数给胁裹进城为人质的乡兵将领家小及少数追随奢家的地方势力外，永嘉守军到三月下旬，加上从瓯海等城撤出以及从仙居、东阳等地赶来驰援的兵马，仅八千余人，并无多少民夫能胁裹来协助守城。
淮东军方向，除新浙南军调整扩编到二十营以及崇城步营在乐清保持十五营精锐兵力不变外，到三月下旬，林缚又从明州、夷洲调陈魁立、毛腾远、韩采芝所部、从崇州调耿泉山所部走海路从乐清登岸，加上靖海第二水营主力以及第一水营一部，淮东军在永嘉江口南北两岸，集结的兵力将近四万人，还从地方征募民夫万余人。
除温峤、梧埏、乐清、瓯海等地守御兵力以及水营控制外海及永嘉江水道外，三月二十五日沿楠溪江两岸进入永嘉县境内的兵马，包括唐复观、陈定邦、左光英所部新浙南军主力、陈魁立、毛腾远所率浙东行营军主力、张季恒、刘振之所率崇城步营一部二万四千余战卒及万余民夫。
即使无法翻越崇山峻岭，切断永嘉城的后路，林缚还是授权周同，于三月二十八日从永嘉城南面发动攻城战。
永嘉城位于楠溪江的西岸河谷，东岸是上塘寨，地势更为险峻。永嘉城与上塘寨之间用栈桥相接，栈桥下方自然也是用沉船、暗桩各种障碍物封锁。
针锋相对的，淮东军进入永嘉县境内的大军，正对着永嘉城、上塘寨筑两座营垒，轮番不休的对