凉，魏王拓跋焘的舅舅阳平王杜超恭请玄高。
到达平城，他广泛传扬禅法，太子拓跋晃拜他为师。
拓跋晃遭受谗害，一时不知如何是好，便问玄高：“师傅啊，这个虚而不实的罗网，使我白白地遭罪受苦，该怎么解脱呢？”
玄高便让他作金光明斋，虔诚忏悔七天。
拓跋焘便做起很奇怪的梦，梦中他看见祖父和父亲手持利剑，言辞激烈，斥问他为何听信谗言，无故怀疑太子。
拓跋焘惊出一身冷汗，马上召集群臣圆梦。群臣纷纷说：“太子毫无过失，确实如先皇神灵所言。”
经过这件事，拓跋焘便对太子深信不疑，他下令太子协助处理政务，总揽一切。
崔皓和寇天师，是在拓跋焘处十分受宠的人，这两人害怕太子即位后夺掉他们的权柄，便四处扬言：“当初太子确实有谋反的野心，只不过利用了玄高的道术，让先帝降梦，才得以掩盖，如果不将妖僧诛灭，后患无穷。”
拓跋焘闻之勃然大怒，下令将玄高投入狱中。
在此以前玄高便早已秘密地对弟子们说：“佛法要衰灭了，我和慧崇公，大概要首当其祸吧！”
慧崇是凉州人，正做尚书韩万德的门师。
太平五年九月，两人都被幽禁。
九月十五日，在平城东南角被害，玄高死时年仅四十三岁。
玄高被害时，门徒们并不知道，
他们一个个焦虑地等待消息，夜不能寐。
三更天忽然一道白光飞来，绕着佛塔转了三匝，飘进禅房，徒弟们惊诧不已，这时听见光中有声音说：“我已死了。”
弟子们才知道真相，顿时寺内哭声大做，震的宿在树上的鸦雀都飞走了。
在六百里外的云中郡，玄高的大弟子玄畅早晨醒来，忽见一人前来告诉他师傅有难，并给他一匹日行六百里的马。
玄畅扬鞭返回都城。
徒弟们包将玄高的尸身运回，玄畅见状，抚尸痛哭，边哭边说：“大法现在衰微了，还有复兴的一天吗？如果有，请和尚坐起来，和尚德行非同寻常，一定能做到。”