凌波军大部本来就秦淮水畔扎下水寨，闻听宋军居然屠杀黑云都降卒，指挥使卢绛当即下令，全军起锚升帆，沿着秦淮水攻打下水门，准备由此往突围而去。水门机关甚多，才接管水门未久的宋军一时操作不熟，被凌波军打了一个措手不及。
天德军大部集中屯驻于石头城，指挥使胡则闻听宋军屠杀降卒一事，当即将前来接管石头城的宋军驱逐出去，然后紧闭城门，声言如果宋军行营对此事没有一个交代，天德军将誓死守城。
城中不知何时突然发生无数大火，伴随着不少散居在四周军营的唐军突破宋军监视后在城中乱窜，又与宋军在街道上发生了械斗。
曹翰未曾想到他屠杀守卫宫城的唐军士卒的行为犹如在火药桶里点燃了一根火柴，引爆了全城南唐降军的反抗。而负责城墙守御的潘美更是大惊失色，连忙调集所有城内宋军，除了严守四门外，入城清剿南唐叛军。更亲自率领三万余精锐直奔石头城与胡则对垒。
南唐军卒大都在胡则和卢绛手下，聚居于石头城和秦淮水寨，在城中各处的唐军士卒人数不是很多，但宋军则视入城平叛为最有油水的任务。一些不在潘、曹二将直接管辖下的宿将，都趁此机会带领自己下辖的军队入城要分一杯羹，金陵城中的局面顿时失去控制。
进入城内平叛的宋军并未急于寻找唐军主力，而是沿着大街小巷肆意的抢掠直至残杀。不少南唐官绅富商之家，只因未能及时满足宋军士卒的需求，就被全家杀尽，到得后来，城中宋军纯以杀人相戏。因南唐人虔诚信佛，不少善男信女躲避在佛寺中避难，而宋兵却不管不顾，直接进入寺院抢掠钱财，挑选妇女。宋兵还纵火焚烧梁朝时建造的高十余丈的升元寺阁，躲藏在阁中的上千名男女都在震天的哭叫声中死去。
王全斌虽屡建奇功，但治军不严，嗜杀好贪。攻克后蜀之后，他“日夜饮宴，不恤军务，纵部下掠子女财货，蜀人苦之。”其军士酗酒持刀沿街抢劫商人，不久激起蜀人兵变，降军推举原蜀将全师雄为首领，号称“兴国军”。王全斌措置不当，更加激化了矛盾。全师雄率军攻克彭州，杀死都监蔡德荣，蜀地各方起兵响应。王全斌又屠尽成都降兵二万人，此举又激起更大的反感，西川十六州兵变此起彼伏。王全斌等屡战屡败，向京乞援。后赵光义、曹彬出击全师雄，乱众见状，抛戈弃械投降。全师雄奔投郫县，身上多处受创，力战而死。其叛乱一直到二年后才平定。乾德五年（967年），王全斌被控“破蜀时，豪夺子女玉帛及擅发府库、隐没财物诸