命军官兵之前没有想到的，很多人似乎感觉到很可能是发生了误会，纷纷喊道：“我们是自己人，有手印和名册应该能很容易找到啊！”
“是啊，我们还拥有队伍内的一些令牌。。。”
然而从杭州城内赶过来的萧轩身边的亲兵却没有同这些人理论什么，而是不由分说的羁押起来，在这些人完全缴械之后，萧轩也毫不畏惧的从城头之上走了下来，当众说道：“你们还敢说自己是革命军各军出身？如果你们是队伍以外的敌人，那么现在你们的身份不过是战俘而已，如果觉悟较好，说不定还能成为自己人。然而你们现在的身份是重犯！不仅仅你们自己要获罪，累及家人，如果有知情不报的现象，你们的连队也都跑不了。当然，如果你们的态度放端正一些，讲明一些事实乃至你们背后的人那或许才有可能将功折罪。。。”
因为担心这些人不明白自己罪在何处，萧轩接着说道：“革新之后，最为严重的犯罪并不仅仅是所谓的十恶还有谋反，也包括组织原则错误。如果你们有什么意见或者遇到了什么问题。应当的处理方法是通过士兵委员会或者内情部门内部反应，如果这条通道受阻，可以采取匿名奏报、逃脱来中央等办法寻求解决。而你们如今的选择，证明你们在潜意识里已经并不认为自己是一名应该为了革命事业牺牲一切的士兵，而是打算凭借着自己的特殊身份和地位同中央讲条件的兵痞，而且是采取直接对抗和危害朝廷乃至革命军声誉的办法。因此，对于你们还有你们背后的那些人当然要严惩！”
“君上！这件事情是我们自己。。。和其他人无关啊”
“是啊。。。”
“有没有关系，密狱内见吧！”萧轩毫不留情的说道。
就这样，在崇祯三年中秋时节，一场针对外派各地的革命军体系及临时驻军体系整肃开始了。或许是觉得这还不够，萧轩同样召集了集中在东南一带的教导师与革命军中路军各军军官展开了一次内部会议。陈述了组织原则和军阀作风的几种现象。当然其中最为严重的错误，就是对使命与身份的认识不清，认为自己是可以凭借自己的身份讲价牟利的人。更同样进一步处罚和清理了外派各军三分之一的基层以上军官，撤销和重新整编的连及以上规模单位多达五分之一。
这种整肃在萧轩身边的人中也多少引起了一些不安，周大勇等人的身份并不方便发言，田秀英也找到一个时机私下里劝道：“如今海内未定，建州在关外的势力还没有能够真正消除，这个时候整肃是否时间太早了一些？”