主要阶段是回合玩家可以自由支配的阶段，怪物的召唤，效果的使用，卡的放置，怪物表示形式的变更都可以在此阶段进行。
主要阶段可以进行的:
怪物的召唤:通常召唤与怪物的设置共1次(和主要阶段2合计)，反转召唤、特殊召唤没有次数限制。
怪物表示形式变更:基本的，一只怪物一回合只能进行一次的表示形式变更。怪物召唤、特殊召唤回合表示形式不能变更。
各类卡的效果的发动:在主要阶段发动效果的效果怪物(大部分的启动效果)、魔法、陷阱效果都可以在此时发动。只要满足条件，发动次数不受限制。
魔法·陷阱卡的覆盖:把魔法·陷阱卡覆盖在场上，只要不超过上限，覆盖几张都可以。
注:怪物的非战斗反转是以背面守备变成正面攻击表示，设置是以背面守备表示，特殊召唤不能是背面守备表示。
战斗阶段
场上怪物进行战斗的阶段，整个阶段又分成若干个“步骤“。战斗阶段不是必须经过的阶段。场上有怪物的时候，玩家可以自行判断是否进入战斗阶段还是直接进入结束阶段。
战斗阶段可以进行的:怪物的战斗，陷阱、速攻魔法的发动
战斗阶段的流程:
开始步骤
↓
战斗步骤←→伤害步骤
↓
结束步骤
开始步骤:回合玩家宣布“进入战斗阶段“。
战斗步骤:自己场上表侧攻击表示的怪物中选择1只以对方的一只怪物为攻击对象发出攻击宣言。对手场上没有怪物的时候可以直接攻击对手。宣言结束后进入伤害步骤。伤害步骤结束还再进入战斗步骤，如此反复。但是基本的，1只怪物只能攻击1次。
伤害步骤:计算伤害，判定战斗结果的步骤，具体参照后面的“怪物战斗规则“。伤害步骤结束回到战斗步骤。
结束步骤:战斗步骤和伤害步骤反复进行直到没有要攻击的怪物了，宣布“结束战斗阶段“。然后战斗阶段结束。
战斗阶段中的卷回
战斗阶段时，回合玩家指定自己的怪物和对方的怪物或者玩家本身做出攻击宣言之后，因为卡的效果而使得对方场上怪物情况发生改变的情况下，回合玩家可以重新选择怪物攻击目标或者放弃此次攻击。这个行为被成为“卷回“
注意:发生卷回后，回合玩家要重新确定指定怪物的攻击