神农架最早的名称，被称为“熊山”。《山海经?中次九经》云：“又东一百五十里，曰熊山。有穴焉，熊之穴，恒出人神人，夏启而冬闭……熊山，帝也”（从王念孙校）。一些学者认为，《山海经》讲的“熊山“，从名称、地望、方位来看，即今神农架（参见四川省社会科学院出版社1986年版《新探》一书）。
有趣的是，当代科学家们通过考察后认为：神农架发现的熊不仅数量特多，而且种类最多，不愧是中国“熊的王国，古时更有巨熊长期息住此地，不知其来历。”。其中的“神人”，是屈原《山鬼》诗中的“山鬼”，即今轰动全球的神农架高大的“野人”。“熊山，帝也”，是说神农架是古代帝王的圣地，这位帝王，当指炎帝神农氏，也是苗人祖先。
神农架有一座古木参天、绿荫盖地的大山，相传古代老君曾在这里采过草药，炼过仙丹。有一天，当老君请教神农怎样才能炼出仙丹时，神农告诉他：百姓用木犁、石刀耕种五谷太费劲了，要是有铁器就好了，我看你甭炼什么仙丹，就炼铁造农具吧!老君觉得有道理，接受了神农的意见，从此以后便炼铁造农具了，打出了锨、镢头、刀、犁尖、送给百姓用。这样，老君就成了铁匠的始祖，直到现今他还被百姓作为祖师爷敬奉着。当地百姓为了感激、纪念老君，便把他采药、炼铁造农具的所在山叫做“老君山”，并通过《老君山传说》颂扬了老君为百姓采药，炼铁造农具的高尚品德和功绩。
远古时代太上老君曾从天宫来到神农架炼过长生不老仙丹，并与炎帝神农氏一起建起冶金炉，冶炼钢铁打制农具，为民造福。后来，人们就在这里修建了老君庙(老君观)，供奉太上老君神像和神农像，此山便称为老君山；比老君山更高的山就称为神农山。这件事足以说明，在人民心目中，神农氏的贡献是最大的，声望是最高的，远远超过天上的神仙。可惜，这些庙宇寺观均毁于近代。
神农架有两个一样大小、一样高低、一样秀丽的山峰，被人们称为“姊妹峰”。这个名称的由来是：相传神农的两位公主看到父王为百姓采药治病终年来往于深山密林之中，受尽风吹雨淋之苦，特别是受到毒疠疫气的威胁，心中十分不安，便采集人间精花，为父王编制了一顶既美观，又能抗风雨，避毒害的帽子，神农戴着这项帽子采药就好多了。后来人们把酷似孪生姊妹的两个山峰看成是神农两个公主的化身；便把它们叫做“姊妹峰”。
在那里有个很大的湖，叫做“大九湖”。为什么叫“大九湖”呢?相传，古