原夫三洞一乘教典，大科分三，一序分，二正宗分，三流通分。今此经乃三洞自然之炁结成灵文，非由人所演说，故经题不冠以太上，经首不冠以道言，不立序分，不言时处。而所谓洞玄灵宝者，乃述经者以其所载之道，当隶於本部也。
从经首至太清太极官，即述三宝之本迹也。自此三号虽年号异，本同一也，至离其本真耳，言三炁为天地万化之原，而人则与之同根合德也。内分五章。
一章自此三号至开光赞本宣化。二章自炁清高澄至并受生成，分辩仪象，立奠三才。三章自天地万化至天地之极也，乃摄迹崇本。四章自人之受生至终不生也，言人贯三才，重生缘会。五章自夫人至本真耳，乃赞重劝修。
次自九天生神章至所闻也，赞章本起，功德无量。内分四章。一章自九天至自然之章，赞章自然，体全用具。二章自天宝至生人，言诵章功德，玄应随量。三章自学士至选人，言群品皈依，应量自利。四章自三宝至所闻也，乃归本反寂。
次自夫学上道运登晨，乃赞重教修功用差等。内分六章。一章自夫学上道至坐致自然，赞劝齐举。二章自三宝至同仙，言秘重尊奉。三章自三元至考身，乃勉宿善，戒轻传。四章自修行至宝章，舍事入道，澄心契元。五章自诵之一过至一时生神，言如法行道，功德等渐。六章自九过为一遍至登晨，乃序效阶差，终致极果。
以上乃正宗分也。此经既以自然为宗，故首不立序分，至此乃立出经之序分也。自元始天尊至赐所未闻为一段，中分九章。一章自元始天尊至啸朗九天，权立时处，显示容仪。二章自是时至披心，乃神王应机,将陈己问。三章自於是至侍晨，乃整仪启问，自述己职。四章自方当乘机应会至善恶当分，乃乘时兴愍，宣任济善。五章自赤明以来至以充储官，三代选人以充仙任。六章自如此之例至毫分无遗，明随因证果，诠次差等。七章自又九幽之府至开大有之民，明迁拔宿善充太平民。八章自当此之时
《洞玄灵宝自然九天生神章经》又名《三宝大有金书》，中有说到三位神君者，管理三洞之尊神。
天宝君者，则大洞之尊神。天宝丈人，则天宝君之祖炁也。丈人是混洞太无元高上玉虚之炁，九万九千九百九十亿万炁。后至龙汉元年化生天宝君，出书时号高上大有玉清宫。
灵宝君者，则洞玄之尊神。灵宝丈人，则灵宝君之祖炁也。丈人是赤混太无元玄上紫虚之炁，九万九千九百九十九万炁。后至龙汉开图，化生灵宝君。经一劫至赤明元年，出书