但后来，因为那些秘密的条件，前任总指挥长和神秘人的矛盾分歧越来越大，不可调和。
神秘人甚至私下捕捉低级别的觉醒者，用觉醒者的脑袋试验红甲虫。
觉醒者的不断失踪，终于引起很多人的警觉，许多觉醒者将矛头指向总指挥部，认为是因为觉醒者的自由散漫而导致军方私下滥用刑罚，秘密的处决觉醒者，这次事件就是你们以前听到过的“觉醒者动乱”，但真相被列为总指挥部的绝密档案。
“觉醒者动乱”之后，前任总指挥长和神秘人的关系直接恶化，知道虫子围攻金陵城，还有一些我不知道矛盾，冲突到巅峰，神秘人改为支持第一次内乱前，隐藏下来的反叛势力方越候，袭击了前任总指挥长，对外称他忽然重病住院。
现在的总指挥长，不过是从军方找来的一个傀儡。
当夜，方越候一系人马在镇压因为虫子带来的骚乱的同时，顺带开始大肆屠杀前任总指挥长的势力。
也就是在这个时候，你所说的那个白衣女人出现了，找到我背后的高层，表示支持我们这一方，我不知道她是谁，高层从来没有告诉过我，我只知道，当夜，她和神秘人激烈打斗，最后平手谈判，方越候收兵调往前线。
……
至于你说的“那个地方”，我并不清楚，只听过高层提到过，金陵城是他们要的东西的重要入口。这个方面，我相信总研究部和你很熟悉的孙教授应该知道一二。
……
“发展到现在，其中很多原因，已经并不是外面传言的“争权夺利”那般幼稚可笑，这个世界已经变得我们越来越不认识了，人类只能在夹缝中寻找生路，方越候和我背后的那些人，选择两个相反的道路，我会找时间安排你和我背后的人见面。”
萧玲玉走后，杨帆一人坐在楼顶上，抽着烟，他没有急着去找孙教授，只是若有所思地望着中央区。
她的一番话，几乎完全颠倒了金陵城“公认”的历史，真相一直被封存在档案袋中。
什么是乱世？天下无一片安全之净土，任何地方……
不论是余敏所说的“鹿死谁手”，还是萧玲玉所期望的“正确道路”，都不是杨帆最初的渴望，他原本只想在这个末日时代，好好地生存下去。
余敏希望自己最终去创造一个“秩序”，而萧玲玉则希望他跟随大家一起重新恢复“秩序”。
外有虫子，内有“非人类”，内外不安，神宁不清，金陵城已无一寸安详之地。