经过旷日持久的谈判，再加上国际联盟和英美等国的介入，中日之间最终达成了停战协议。按照协议规定，伪满洲国被废除，日本军队撤回了之前占领的沈阳、长春等地，退回旅顺，中国军队进驻以上区域；上海方面的日本军队退回租界内，同时为了兑现上海自由贸易的规定，日本方面要求中国军队也退出上海，中日双方在上海不得驻军。
起初黄柯等人极力反对这一提议，但面对形势不得不同意，双方在谈判桌上经过一个月的反复拉锯，终于在上海签订停战协议，为这场冲突画上了一个并不圆满的句号。
按照协议内容，双方的控制范围基本上维持在战前的水平，不过黄柯和新政府还是都比较满意这个结果，毕竟此战中围歼了关东军多个主力师团和第一舰队，更何况再打下去双方都打不起了。
只有黄柯等人知道，日本海军庞大的舰队已经准备起锚，倘若不惜一切与之一战，那唯有鱼死网破。同样的，日本当局对中日之间的冲突也充满分歧，本来东北事变就是关东军那帮狂徒一意孤行，关东军多部被歼也让他们的嚣张气焰灭了不少，关东军高层不是傻子，他们明白如今的中国军队已经有了一个质的跨越，唯有再度整军方能有获胜希望。
在这种情况之下，双方从之前的怒目相视到握手言和，不得不说是一种政治上的妥协，在对内宣传上，双方都宣称获得此战的胜利，不过对于一向积贫积弱的中国宣布获得此等胜利，实在是难得可贵。
停战协议虽然签署了，但军事改革却不能停下来。国防部长蒋先云在东北战场遇到日军空袭时受伤，不日之后去世，黄柯悲痛欲绝。南京政府为其举办了声势浩大的吊念活动，多方送来挽联、各地群众自发组织送行，全国上下共同缅怀这位英年早逝的将军。
蒋先云是去世后国防部长一职的空缺由黄柯顶替，军事参谋部部长由蒋百里担任，这样军事机构就被黄柯一派占据多半，而国党并未就此放弃争权夺利，不日之后，宋子文出任中国银行行长和财政部部长，孙科出任行政院院长一职，政府中枢机构中也多由国党人士担任，这也标志着黄柯一派和国党一派的分歧日益加深。
黄柯自然不会想到以后的发展，因为历史的车轮已经偏离了原来的轨迹，开始向着一个新的方向和目标开去，只是是好是坏现在还很难说的清楚，他唯一清楚的是，必须建造一支强大的军队。
出任国防部长之后，黄柯着手推行军事化改革，在一片反对声中裁减军队，在全军推行机械化；同时，