历类、风雷雨电类、地类、占候类、人身类、医药类、饮食类、衣服类、金石类、器用类、草木类、鸟兽类、鬼神方术类、异事类。从内容来看，它广泛涉及天文、地理、物理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等诸多方面。
《物理小识》的价值并不仅仅表现在它的实用性方面，也表现在它独特科学见解。方以智在该书中提出的许多真知灼见。在天文学方面，《物理小识》继承了中国传统天文学的优秀成果，并且吸取了当时西方传入地先进知识。例如该书认为“地体实圆，在天之中。……相传地浮水上，天包水外，谬矣。地形如胡桃肉，凸山凹海。”
中国传统上一直认为天圆地平。明末，传教士来华，带来了地圆学说，为一部分中国知识分子所接受，方以智是其中之一。他所说的“地形如胡桃肉，凸山凹海”一语
地说明了海也是地球地一部分，这有助于破除传统的上”之说。
在物理学方面，《物理小识》更是多有可称道之处，尤其表现在它所论及光学和声学知识方面。《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较其前人为强。书中提出了被我们称之为“气光波动说”地朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦”主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学地阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他并据此批驳了传教士有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人地学术贡献。
另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的发生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐发，都是极其出色的。
在医药生物诸方面，《物理小识》也有诸多贡献。方以智在这些方面用力甚大，有关条目占全书总条目的三分之一还要强。他会通中西，对人体生理、病理以及医疗、药物等诸多方面均有较深入的研究。方以智重视吸收引进西方医学知识，以弥补传统医学的不足。他在《物理小识》中介绍了大量西医解剖学知识，而这正是传统医学的一个薄弱环节。他根据西方人体生理知识，提出“人之智愚系脑之清浊”，这是对传统“心之官则思”说法的一个勇敢突破。方以智对传统医学也很精通，《物理小识》曾广泛援引历代医家言论，取各家之长而加以综合。在药物学方面，《物理小识》不但发现和改正了一些历代本草书（包括李时珍《本草纲目》）中的错误和疏漏。
方以智接受西方科技知识，并