纵醒来的主角手无寸铁在医院里面，而绷带男的指导也是另外一方面的潜行经验。
杨晨没有在序章里面，如同梦境记忆中的《合金装备：幻痛》用极长的过场动画来将游戏展现给玩家，还是那样的一句话，大部分玩家买游戏是用来玩的。
游戏中的CG，杨晨更愿意让玩家自己选择是否去欣赏去观看，所有的关卡玩家通关后，进入分数结算界面，可以自己选择是否关卡剧情CG。
而在游戏的过程中，杨晨并不希望玩着玩着，突然一个剧情CG过场动画，让玩家的体验产生撕裂感。
…………
随着游戏的剧情慢慢推进，尹正也开始进入到游戏的主要部分。
在逃离了医院后，他遇到了一个人——左轮山猫。
并且在左轮山猫的指引下，前去营救被敌人抓住的米勒。
左手的钩子取而代之的是义肢，叼在嘴里的雪茄，遮挡住一只眼睛的眼罩，除了脸上的疤痕多了一些看上去跟《合金装备：原爆点》中BIGBOSS的样子没有什么两样。
如果是玩过之前《合金装备：原爆点》的玩家，实际上对于《合金装备：幻痛》的操作并不会陌生，但在脱离了前面医院的序章之后，所有体验着《合金装备：幻痛》的玩家们又有了一种不一样的认识。
大型的地图，虽然看上去并没有《上古卷轴：天际》那样的大，但却绝对不算小。
而且尹正也明白在之前发布会上杨晨所说的‘《合金装备：幻痛》将会是线性剧情，但却绝对的自由’到底是什么意思了。
在游戏中只会给予你一个最终的目标，以及一个限制，但如何取完成这却取决于你自己。
同时在游戏中的小细节也非常的丰富，比如未知的信息比如要营救或者暗杀的敌人究竟在什么位置，这需要你去抓住敌人去逼问线索，又或者自己跟无头苍蝇一样乱找。
当然还可以直接拿起枪突突进去，将所有活口全部消灭，当然只要你能够做到。
有之前《合金装备：原爆点》的经验，尹正对于到底该怎么玩已经得心应手了。
控制着角色骑着马来到目标地的附近，下马然后慢慢的顺着岩石，避开巡逻的敌人，慢慢前往关押着米勒的地方。
偷偷摸摸的混入房间一不小心被发现了！？
麻醉枪走起，然后勒住脖子打死打残！
转角遇到爱！？
上去一套CQC解决对方。