公元2111年，天外陨石降落蓝星，带来变异病毒，使动物们发生了异变。
以前被人类圈养、观赏、食用的动物们纷纷觉醒，成为了新生类物种。
体型变大或是缩小，力量大幅赠强，出现了类似返祖的情况，开始向人类发起无差别攻击。
灾难真正降临，远古早已经消失的物种频频冒出，恐龙、翼龙、巨蜥、巨鲸，无数种曾经灭绝的史前霸主现世，给人类的生活带来了毁灭性的灾难。
为了不损坏人类生存的这片土地，给后世子孙们留下一个安全的生存坏境，人类迫不得已，建立了庞大的地下城，并制出了可以与原始巨兽相抗衡的机器人。
人工智能，在这个时代实现了从量到质的飞跃式发展。
但是，当第一代人工智能教父去世后，人工智能，人类最忠诚的伙伴却成了人类公敌。
人工智能总控制系统天脑诞生了自我意识，并背叛了人类这个它曾经的主人。
大批人工智能机器人被天脑控制，在地下城与人类展开了一场激烈的争夺战。
最终，人类科学家们决定再建造出一个新的天脑来对付旧天脑这个叛徒。
可失去了天脑教父的人类，却没办法再制造出一个新的天脑，新天脑计划只能暂时放弃。
这是人类史上最黑暗的一天，异兽与人工智能同时攻入地下城，人类遭到了前所未有的猛烈打击，不得不逃离地下城，来到备用的地面基地，这才挽救了人类灭绝的悲剧。
科学家们清楚的知道，这个世界已经不再属于人类，机器人和返祖动物们将是这片土地的新主人。
人类的辉煌，终将再此毁灭。
但这不代表人类就要消失了，之所以得出这样的结论，那是因为先进派科学家代表团们认为，蓝星已经不再适合人类，他们应该在宇宙里寻找新的住所。
这个的结论并没有受到所有人支持，保守派认为，他们还有希望毁灭天脑。
女主阿良是专门研究人工智能的博士，她提出可以利用机器人对付机器人的办法毁掉天脑。
第一代机器人有觉醒自我意识的可能，她只需要控制住这样一个机器人，它就不会受到天脑的控制，帮助人类完成病毒移植计划。
诺亚方舟还在建造当中，人类暂时也只能躲在堡垒里苟延残喘，所以大家决定，两个计划同时进行，并将病毒移植计划交给了女主阿良负责。
于是乎，女主阿良假意叛离人类