陈冲渡过死关固然是一件喜事，但诚如张仲景所言，他的身体仍需要长时间的调养，至少在短时间内，陈冲已无力再主持中朝事务。但天下的形势却是瞬息万变，一刻也不会等人的。
就在陈冲回京未久之际，段煨的军报也传到长安，传出了因新任越巂太守薛永平叛不当，继而致使益州南面永昌、牂柯、益州、越嶲四郡叛乱的消息。
越巂太守薛永本是徐州东海人，在炎兴六年刘备平更苍之际转投朝廷，任职于霸府之中，后因性情刚直，谏言不屈而受刘备拔擢，于是外任为越巂太守。然而在协同庞统平叛蛮帅，已然抓住狼离、牛乘等蛮酋之际，他却与其发生龃龉。
庞统主张当抚平放还，薛永主张以武立威，两人意见不一，但薛永毕竟是地方主官，庞统只能暂且屈从，任由薛永将蛮帅斩首示众。孰料这一下竟然惹出大祸，南中诸郡本就持观望态度，刘范在其中也颇有根基，薛永斩首蛮人后，四郡蛮帅沆瀣一气，顿起反旗，残杀朝廷所派官员，仅薛永、吕凯、上官胜数人在南中勉力维持。
当时庞统麾下仅有五千余人，不足平乱，段煨又要监视江州刘范，难以移兵，只好向朝廷请求援兵。朝中商议此事，以为当召回薛永，以抚军将军赵云领万人益兵庞统，又合四郡与犍为半郡、朱提郡为宁州，以庞统为宁州刺史，全权负责南中诸事，剿抚并重，便宜行事。
而到了章武二年的二月下旬，司隶校尉诸葛孔明传来消息，说是在东都的准备工作业已完成，宫府库椽都已营建完毕，迁都的条件已然成熟，故而来信询问朝廷何时迁都。因为计划在今年秋收后还要征战河北，台中重臣都以为事不宜迟，越快越好，最终决议在三月开始迁都。
于是在这草长莺飞的暮春时节，朝中六百石以上的内外朝官员都开始陆续西迁。一连十余日，长安百姓每日都可见官员及其家属拥堵于长安厨城门间，其间不乏如刘表、马腾这样的清贵三公，这让他们颇多感慨。二十年来，长安几度风雨，已让百姓们自认是新朝元从，如今朝廷远去，他们还是颇为伤感的，有人曾在私下议论说：「也不知朝廷东迁之后，是否还记得西京人的苦劳。」当然，这也只是些牢骚话罢了。
到了三月癸己这一日，刘备携后妃及皇子亦出宫搬往雒阳，沿途的百姓听闻后，都来街道上围观相送，只见侍卫护卫间，刘备身着普通的绛色戎装，就如常人一般乘马在前，百姓向其欢呼，他也无不抱拳示意，并无丝毫帝王威严。而身后的数十轺车中，多也是宫中的桉牍文牒，所谓