祖海最初也是辽东祖家军的成员之一，跟祖宽、祖克勇等人一样曾是祖大寿的部下，关宁铁骑的骨干将领之一，最初他们都离属于袁崇焕。
袁崇焕被凌迟处死之后，祖海投靠了权倾朝野的马士英父子，成为锦衣卫都指挥使马銮的死党，马士英在朝内有锦衣卫给他撑腰，在朝外江北四镇总兵均受他节制，因此马家父子成为当时最有实权的党派之一，又拉拢阮大铖，就连东林党也惹不起他，严重威胁到朱由崧的皇权，加上又以拥立之功自居的马士英常常以兵威上殿面君。咄咄逼人的态势令那个朱由崧得看着马家父子的脸色说话。
正这个时候，朱由崧穿越过来了。
朱由崧刚刚穿越过来的时候，首先的目标是清洗厂卫，首先收拾的就是位高威胁到皇权的马士英和马銮父子。
朱由崧急诏郑鸿逵，并让他在锦衣卫任要职，仅次于锦衣卫都指挥使马銮，祖海先是郑鸿逵的部下，却仗着马銮的势力处处压制郑鸿逵，直到郑鸿逵忍无可忍，因为一个大礼寺卿李沾，两个人大打出手。
朱由崧深夜及时赶到，以初步的武力制住了祖海，祖海认为这次必然大祸临头，不说祸灭九族，至少脑袋保不住了，但是没想到朱由崧赦免了他，仍然委以重任。
祖海感念皇恩，从那以后，祖海死心塌地的保了朱由崧，帮助朱由崧设计除掉了马銮和马士英，立下了汗马功劳。
朱由崧牢牢地把锦衣卫抓在手中，这支枪杆子成为他穿越过来的第一桶金。
也是因为有了这一支枪杆子，才使他稳定京师，剿灭奸党，外出收拾四镇军阀成为可能。
朱由崧恩威并用，也没亏待这位时任锦衣卫都指俭事的祖海，擢升郑鸿逵为锦衣卫的都指挥使，升祖海为锦衣卫的都指挥同知，郑鸿逵不在锦衣卫任职之后，朱由崧又擢升祖海为锦衣卫的一把手——锦衣卫都指挥使，掌管着整个锦衣卫，就连位高权重的李全也屈居在他之下。
祖海更加感念龙恩浩荡，对朱由崧忠心耿耿，特别是朱由崧御驾亲征这一年多的时间里，他在京师一天也没有懈怠，指挥着锦衣卫对文武百官时刻监视，使得朱由崧长期不在京师，但京师秩序仍然井然，下至黎民百姓，上至文武百官，没有一个敢妄议朝政，对朱由崧不利的。
朱由崧收拾完了四镇军阀，又将满清鞑子驱赶到了关外，又把京师从南京迁到了北京，重新登基坐殿，北京的局势刚刚稳定，祖海作为朱由崧的第一禁军的一把手，对朱由崧更加赤胆忠心，他和李全配