提到扬州之事，此次史可法奉旨出面调停高杰，为朱由崧武力削藩赢得了时机，也算功不可没，朱由崧宣布从当日恢复其官俸，撤销原来罚俸两年的决定，但仍为兵部侍郎，兵部尚书一职仍由内阁首辅高弘图兼任。
史可法觉得皇上真是一位功必赏，过必惩的明君，屈膝拜伏，感激谢恩。
然后朱由崧又重点提拔了几个地方武官，第一个就是扬州的兵备道刘肇基，破格擢升其御营统领，这次亲征，他深感御营力量的薄弱，偌大的帝王圣驾，火器营的缺失像笑话一般，很多时候还是依靠锦衣卫护驾，在京师皇上的安全当然由锦衣卫负责，但御驾亲征离开京师时，就得指望御营了。
因此回京后他对御营进行了扩充精编，调离羸弱，新增了火器营，配备铳炮等轻重火器。然后传旨从京营兵、黄得功部层层选拔精壮将士充入御营，扩充后的御营将达到五千人的规模，现在御营缺一个总兵官。
朱由崧就当庭宣布这一职务由刘肇基担任，这次高杰泛兵扬州，功劳最大的当然是刘肇基，能以几千城管之兵对抗高杰的五万雄师，使高杰强行进驻扬州的阴谋化为泡影，保护扬州数万民众免受军阀的掠扰，很好的配合了朱由崧的仪真伏击战，这功劳应该名垂史册。
朱由崧还查了刘肇基的阅历，发现此人也是历史名将，祖籍辽东，出身将门，祖辈世袭指挥佥事。在抗压民变的过程中升任辽东副总兵、总兵官。曾是蓟辽总督洪承畴的部下，负责训练宁远诸营士兵。清鞑子进犯锦州，刘肇基奉命抗清，历史上，弘光政权建立后，刘肇基出任左军都督，史可法督师扬州，刘随军出征，清军破扬州，刘肇基力战殉国。
可见这是一员治军干练的忠贞之将，将御营交由此人训练统管正合适。
然后朱由崧又破格提拔了江阴的三位典史，唯任阎应元为京营提督，陈明遇为京营兵佥事，冯厚敦为京营兵主薄。
此语既出，百官大哗，因这三人与刘肇基不同，人家刘肇基出身将门，阅历与战绩俱在，被朱由崧提升为御营统领百官服气，但这三位皆为县城小吏，相当于现代的公安局科级或副科级，一下子提居京营兵的要职，就认出朱由崧做得有些出格了。
顿时内阁首辅高弘图，户部尚书吕大器，太师姜日广，太子太师黄道周，太子太傅刘宗周，左都御使左懋第，右都御使黄端伯，户部右侍郎瞿式耜，礼部左侍郎吴伟业，等等纷纷站出来反对。这些大臣为国贤、为人正、什么不向恶势力低头、敢对不公正说不、敢于犯