黄得功接旨之后，带着摩下将士重新为朱由崧行了君臣叩拜大礼。然后，为朱由崧安排了临时的行宫，为了表示敬重，黄得功把国公府连夜给腾出来了，让朱由崧及其亲军卫队入驻办公。
这样，一直折腾到三更天，朱由崧君臣才各自散去。
第二天天还不亮，在南京通往滁州的官道上，尘土大起，万马奔腾，五千铁骑如汹涌的海浪，踩得地皮乱颤，这支铁骑从三更天得到滁州兵变的消息整整跑了两个时辰，眼前滁州城已经在望了。
此时在这支铁骑后面五十余里处，还有一支约四万人的步旅也在急行军，他们来自南直五军都督府的前左营、前右营、中军营、后左营、后右营。
与此同时徐文爵、刘孔照和郑彩带着万余操江水师也出动了，他们通过长江支流企图进入滁水，从水路进攻滁州，也就是说，就在朱由崧驾临滁州的当天晚上三更天，京畿周围的军队，除了几千老弱之卒守城之外，其余的五万余人全部出动，连夜赶往滁州救驾勤王。
第二天这些部队陆续开到滁州城外，朱由崧得报后吃了一惊，朕并没有旨意让他们来勤王啊？刚要问怎么回事，李国辅和郑鸿逵赶紧跪倒在地请罪：
“陛下容秉，臣等担心皇爷的安危，与高阁老商讨之后这才秘密部下勤王之师，不成想陛下龙威天成，是臣等杞人忧天了，请陛下降罪。”
背着皇上私调军队，这的确很严重，但李国辅和郑鸿逵一片忠心，自己的这趟滁州之行的确有几分不靠谱，因此朱由崧也没怪他们，把二人拉起来了，“二位爱卿心细如发，救驾有功，何罪之有，不过下不为例。”
一旁的黄得功和那几个总兵官，心里合计，幸好我们识时务，否则滁州免不了一场血战。
朱由崧思忖之后，让水师营原路返回，其余的四万余步骑既来之则安之，全部进城待命。
从朱由崧到达滁州的第二天起，黄得功按照朱由崧的口谕开始整肃军队，田雄和马得功两个总兵官死了，让丘铖任炮营统领，原丘铖部、马得功部、张杰部、陈献部策以及和州军和芜湖军等全部打乱原来的序列，重新编制，朱由崧亲自授予黄得功的部队为猛虎军，然后将这八万大军统编为十个营，整肃军纪，训练人马。
朱由崧就在滁州住下了，并没有要搬师回京的意思，一面让黄得功加紧整训军队，为了不让京师百官震动，朱由崧亲笔写下两道手谕封好后交由李国辅，让李国辅差军一万五千回师南京，剩下的三万京营兵交由郑鸿逵统领待